Количественный анализ белка
Mary Johnson (mary at labome dot com)
Synatom Research, Princeton, New Jersey, United States
Перевод
Константин Якимчук (Konstantin dot Yakimchuk at ki dot se)
Каролинский институт, Швеция
DOI
http://dx.doi.org/10.13070/mm.ru.2.115
Дата
последнего обновления : 2015-03-09; оригинальная версия : 2012-02-29
Цитировать как
MATER METHODS ru 2012;2:115
English Abstract

A review of protein quantitation assays and a survey about the protein assays based on 194 formal publications.

Введение

Точный количественный анализ белка имеет важное значение для всех экспериментов, связанных с белками во множестве научно-исследовательских тем в области молекулярной биологии, клеточной биологии, биохимии, биологии развития и неврологии.

За последнее столетие были разработаны различные методы для количественного определения белков в определённом анализе, для определения общего содержания белка и для единичных белков.

Общее методы количественного анализа белка включают традиционные методы, такие как измерение УФ-поглощения при 280 нм, бицинхониновой кислоты (БХК) и Брэдфорд анализ, а также альтернативные методы, такие как Лоури или новые аналитические методы, разработанные коммерческими фирмами. Обычно коммерческие поставщики предоставляют хорошо продуманный, удобный комплект для каждого типа анализа.

Индивидуальные методы количественного белка включают твердофазный иммуноферментный (ELISA) анализ, Вестерн-блоттинг, а совсем недавно, и масс-спектрометрию и другие методы.

В данном обзоре мы обсудим некоторые из распространенных методов, используемых для определения концентрации белка, уделяя внимание их преимуществам и ограничениям. Важно отметить, что ни один из этих белковых анализов не является специфичным исключительно для белков, что означает, что небелковые компоненты могут препятствовать анализу или быть совместимыми с белками.

Правила и законы исходящие от государственных органов или торговых групп могут требовать специфичных методов для определения общего белка. Например, торговое обединение поставщиков сыворотки, International Serum Industry Association (www.serumindustry.org), требует применения метода Биурета для определения содержания белка в.

Количественный анализ белка

Таблица 1 обобщает общие методы количественного анализа белка. Для исследователей важно оценить совместимость каждого анализа с типами образцов, диапазон метода, объем образца, наличие подходящего спектрофотометра, а также затраты времени и средств для выполнения каждого теста.

анализабсорбциямеханизмОпределяемая концентрацияПреимуществаНедостатки
УФ абсорбция280 нмАбсорбция тирозина и триптофана0.1-100 мкг/млНебольшой обём образца, быстрота, низкая стоимостьнесовместимость с детергентами и денатурирующими веществами высокая изменчивость
Бицинхониновая кислота562 нмРедукция меди (Cu2+ до Cu1+), БХК реакция с Cu1+20-2000 мкг/млсовместимость с детергентами и денатурирующими веществами, низкая изменчивостьОтсутсвие совместимости или низкая совместимость с восстановителями
Брэдфорд или Кумасси бриллиантовый синий470 нмОбразование комплекса между Кумасси бриллиантовым синим красителем и белками20-2000 мкг/млсовместимы с восстанавливающими агентами, быстротанесовместимость с детергентами
Лоури750 нмРедукция меди белками, редукция Фолина-Ciocalteu вследствие образования медно-белкового комплекса10-1000 мкг/млвысокой чувствительность и точностьнесовместимость с детергентами и восстановителями, длительная процедура
Таблица 1. Общие методы анализа белков
Абсорбция (оптическая плотность) ультрафиолета при 280 нм (диапазон: 0,1-100 мкг / мл)

Ароматические аминокислоты тирозин и триптофан придают белкам характерный ультрафиолетовый (УФ) спектр поглощения при 280 нм, который обычно используется для оценки концентрации белка. Фенилаланин и дисульфидные связи также способствуют поглощению при этой длине волны, хотя и незначительно. Этот способ прост и требует очень небольшого объема образца, так как новые спектрофотометры используют систему удержания образца во время измерения. Однако белковый образец должно быть чистым и не содержащим никаких небелковых компонентов с тем же спектром поглощения, таких, как нуклеиновые кислоты [1]. Этот способ является самым быстрым, но подверженным ошибкам.

Анализ на основе бицинхониновой кислоты (БХК) или меди (диапазон: 20-2000 мкг / мл)

Анализ на основе бицинхониновой кислоты (БХК) был изобретен Полом К. Смитом в 1985 году в Pierce Chemical Company, крупном дистрибьюторе этого анализа [2, 3]. И БХК анализ, и Lowry анализ основаны на преобразовании Cu2+ в Cu1+ в щелочной среде. Это преобразование определяется как реакции Биурета. Эта реакция зависит от четырех аминокислотных остатков (цистеин, цистин, тирозин и триптофан), а также от пептидной структуры.

Количественный анализ белка Рисунок 1
Рисунок 1. Схема анализа методом БХК

БХК является конкретным хромогенным реагентом для Cu1+, и во второй стадии реакции две молекулы БХК реагируют с одним ионом Cu1+. Уменьшенное количество Cu2+ является функцией концентрации белка, что может быть определено спектрофотометрически по изменению цвета раствора образца в фиолетовый, с абсорбцией 562 нм. Степень абсорбции прямо пропорциональна количеству белка, присутствующего в растворе, и она может быть оценена в сравнении со стандартным белком, таким как бычий сывороточный альбумин [1, 4, 5].

БХК метод более устойчив к различным ионным и неионным детергентам, таким как NP-40, тритон Х-100, и денатурирующим агентам, таким как мочевина и хлорид гуанидина, которые имеют тенденцию препятствовать другим типам колориметрического анализа белков, таким как метод Лоури (табл. 2) [5]. Некоторые молекулы, такие например, как молекулы редуцирующие сахара, могут снижать эффективность БХК анализа. Эти эффекты могут быть устранены или уменьшены с помощью нескольких методик, таких как удаление препятствующих анализу веществ через диализ, гель-фильтрацию, или, если концентрация белка достаточно высока, разбавление образца.

NP-40Сахароза
ЭмульгенГлицин, pH 2.8
HEPESГлюкоза
DTTEDTA
Triton X-100NaCl
МочевинаNaOH
Гуанидин HClСульфат аммония
Ацетат натрия, pH 5.5SDS
Таблица 2. Сопоставимость метода белкового анализа БХК

Thermo Fisher Pierce недавно представила новую версию классических наборов для БХК белкового анализа от Pierce, совместимых с такими восстанавливающими агентами, как дитиотреитола (ДТТ), 2-merceptoethanol (BME), TCEP и другими дисульфидными восстановителями [2, 3].

По сравнению с другими методами, БХК метод является одним из наиболее чувствительных (он способен определять белки при концентрациях до 5 мкг / мл), имеет меньшую изменчивость, чем другие (например, Бредфорда), и может быть использован для измерения широкого диапазона концентрации белка.

Анализ белков методами Брэдфорда или с применением Кумасси бриллиантового синего (диапазон: 20-2000 мкг / мл)

Аналитический метод Брэдфорда, первоначально описанный доктором Марионом Брэдфордом в 1976 году, является одним из самых распространенных методов определения концентрации белка. Он основан на образовании комплекса между красителем Кумасси бриллиантовым синим G-250 и белками в растворе. Свободный краситель существует в четырех различных ионных формах. Более анионные формы связываются с белками и имеют оптическую плотность при 590 нм. Концентрация белка может быть оценена путем определения количества красителя в ионной форме и измерением оптической плотности раствора при 595 нм с использованием спектрофотометра [6]. Краситель связывается главным образом с аргинином, триптофаном, тирозином, гистидином, фенилаланином белковых молекул [1].

Количественный анализ белка Рисунок 2
Рисунок 2. Схема анализа методом Бредфорда

Большинство исследователей использует БХК в качестве белкового стандарта, поскольку он является недорогим и легко доступным, но этот стандарт не всегда удобен. Действительно, один недостаток использования БХК в том, что он обладает сильной реакцией красителя, вследствие чего имеется возможность недооценить содержание белка. Иммуноглобулин G (IgG), лизоцим или других стандартные белки должны использоваться в зависимости от типа белкового образца [6].

Одним из преимуществ этого способа является его совместимость с агентами для стабилизации белков в растворе, которые не совместимы с анализом методом Лоури и в некоторой степени с анализом ДСС. Ограничительным аспектом аналитического метода Бредфорда является несовместимость с низкой концентрацией детергентов, которые обычно используются для растворения мембранных белков. Тем не менее, детергенты могут быть удалены путем гель-фильтрации, диализа или осаждением белков с использованием фосфатом кальция [6]. Еще одним преимуществом является возможность измерять концентрацию белков с высокой молекулярной массой (MМ), поскольку краситель не связывается с пептидами с низкой ММ [1, 6]. Тем не менее, очень низкий уровень неионных детергентов, таких как Triton X-100 в концентрации 0,008% (объем / объем), может улучшить чувствительность и вариабельность анализа Брэдфорда [7].

Анализа белка методом Лоури (диапазон: 10-1000 мкг / мл)

Анализ методом Лоури, предложенный Оливером X. Лоури в 1951 году, основан на двух химических реакциях. Первой реакцией является снижение ионов меди в щелочной среде, которые образуют комплексы с пептидными связями (реакция Биурета). Второй реакцией является снижение реагента Folin-Ciocalteu комплексом медно-пептидной связи, которое впоследствии приводит к изменению цвета раствора на синий с поглощением в диапазоне от 650 до 750 нм, обнаруживаемого с помощью спектрофотометра [1]. Количество белка в образце может быть оценено с использованием стандартной кривой выбранного стандартного раствора белка, такого как БХК.

Количественный анализ белка Рисунок 3
Рисунок 3. Схема анализа методом Лоури

Преимуществом данного метода является его чувствительность, а главное, точность. Однако, этот метод требует больше времени, чем другие анализы, и многие соединения, обычно используемые в буферных растворах для приготовления белкового препарата (например, детергенты, углеводы, глицерин, трицин, ЭДТА, Трис) препятствуют анализу методом Лоури и образуют осадки (табл. 3) [1]. Тем не менее, влияние этих веществ может быть уменьшено путем разбавления образца, но только тогда, когда концентрация белка достаточно высока [8]. Кроме того, было показано, что время для выполнения этого анализа можно уменьшить путем повышения температуры или использованием микроволновой печи [8].

ДетергентДисульфидные соединения
УглеводыФенол
ГлицеролМочевая кислота
ТрицинГуанин
EDTAКсантин
TrisМагний и кальций
Соединения калияСульфгидрильные соединения
Таблица 3. Анализ белков методом Лоури: взаимодействующие соединения
Количественное определение количественных белков

Важным этапом многих экспериментов является количественное определение специфического белка в растворе. Различные методы были использованы для достижения этой цели. Наиболее распространенными из них являются ELISA, Вестерн-блоттинг анализ, и масс-спектрометрия. ELISA и Вестерн-блоттинг обсуждаются приложениях описывающих антитела, масс-спектрометрия обсуждается здесь кратко.

Масс-спектрометрия белков

Масс-спектрометрия белков является новым методом количественного белков. Кроме характеризации белка важным шагом в протеомном анализе является возможность количественного анализа специфического белка. Было разработано и внедрено большое количество методик масс-спектрометрии белков. Как правило, стабильные тяжелые изотопы углерода (13C) или азота (15N) добавляют к одному образцу (пептиды или белки), в то время как соответствующие лёгкие изотопы (12C и 14N) добавляют ко второму образцу (внутренний стандарт), которые смешиваются в анализе. Из-за разности масс можно проанализировать соотношение интенсивностей пиков двух образцов на масс-анализаторе, которые соответствуют их относительное изотопной распространённости . Второй метод для количественного анализа белков методом масс-спектрометрии может быть сделан без маркировки образцов (т.е. используя матрично-активированную лазерную десорбцию / ионизацию, МАЛДИ анализ). Здесь мы хотим подчеркнуть возможность использования такого универсального подхода как масс-спектрометрия для выполнения количественных и качественных анализов за одно измерение. Тем не менее этот метод требует контрольно-измерительных приборов, что не каждая лаборатория может себе позволить, и это может ограничивать полезность данного подхода [4, 9].

Публикации о методах анализа белков

Labome проанализировал более 100 случайно выбранных рецензированных публикаций описывающих общие методы анализа белков. Thermo Fisher Pierce и Bio-Rad Laboratories были идентифицированы как основные поставщики наборов для анализа белков (табл. 4). Наиболее часто используются методы БХК и Брэдфорда.

НаборыКол.ПровайдерКол.
БХК65
Thermo Fisher Pierce63
Бредфорд47
Bio-Rad33
Thermo Fisher Pierce11
Лоури3
Таблица 4. Статистика по наборам для общих методов анализа белков по данным публикаций и основным поставщикам. Кол. – количество публикаций со ссылками или поставщика.
БХК анализ

Почти все наборы для анализы белка методом БХК упоминаемые в исследованной литературе были предоставлены Pierce, где эта методика была изобретена одним учёным много лет назад. Thermo Fisher приобрела Pierce несколько лет назад.

Наборы для BCA анализа от Thermo Fisher Pierce были использованы для изучения канцерогенеза в щитовидной железе [10], роли VLDLR в делении клеток [11], посттрансляционных модификаций S100A4 [12], hnRNP H и F hnRNP белков в качестве блокаторов рецептора фактора роста фибробластов 2-го типа [13], механизма, лежащего в основе повышения активности StAR и ароматазы в процессе эндометриоза [14], эффекта гепараназы на клеточную адгезию и миграцию [15], регуляции и роли экспрессии NAG-1 в клетках карциномы предстательной железы человека PC-3, обработанных VES [16], роли IGF-1R в функционировании фоторецепторов [17], роли Dlx5 в связи остеобластов с остеокластами [18] и многих других механизмо [19-69]. Наборы от Thermo Fisher Pierce для БХК анализа белков были использованы для изучения иммуноцитохимической локализации остеопонтина в птичьей железе скорлупы и яичной скорлупе [70], для изучения восстановления после контролируемых корковых воздействий на кору мозга в случае травмы у крыс [71], а также мембранной локализации ядерного протеина вируса гепатита С и размножения вируса [72].

Описания БХК реагента от Sigma [73] и и наборов БХК для анализа белка от Bio-Rad были также представлены в публикациях.

Метод Брэдфорда

Thermo Fisher Piеrce также является одним из основных поставщиков наборов для анализа Брэдфорда. Наборы для анализа белков методами Кумасси и Брэдфорда от Pierce были использованы для оценки экспрессии белка ERp29 [74], роли YKL-40 для модулирования биологической активности основного фактора роста фибробластов [75], и многих других исследовательских тем [64, 65, 76-81], и [82].

Реагенты от Bio-Rad для анализа белка методом Бредфорда были описаны в большом количестве публикаций [83-114] и [115].

Другие поставщики также выпускают наборы для анализа методом Бредфорда, например, Sigma [116, 117] и Expedeon [118].

Метод Лоури

Набор для анализа белка методом Лоури от Piеrce (номер каталога 23240) был использован для количественного определения концентрации белка [119] и набор от Bio-Rad Laboratories был использован в [81] и [82].

Ссылки
  1. Olson B, Markwell J. Assays for determination of protein concentration. Curr Protoc Protein Sci. 2007;0:Unit 3.4 pubmed
  2. Smith P, Krohn R, Hermanson G, Mallia A, Gartner F, Provenzano M, et al. Measurement of protein using bicinchoninic acid. Anal Biochem. 1985;150:76-85 pubmed
  3. Walker J. The bicinchoninic acid (BCA) assay for protein quantitation. Methods Mol Biol. 1994;32:5-8 pubmed
  4. Kruger N. The Bradford method for protein quantitation. Methods Mol Biol. 1994;32:9-15 pubmed
  5. Friedenauer S, Berlet H. Sensitivity and variability of the Bradford protein assay in the presence of detergents. Anal Biochem. 1989;178:263-8 pubmed
  6. Waterborg J, Matthews H. The lowry method for protein quantitation. Methods Mol Biol. 1984;1:1-3 pubmed
  7. Pan S, Aebersold R, Chen R, Rush J, Goodlett D, McIntosh M, et al. Mass spectrometry based targeted protein quantification: methods and applications. J Proteome Res. 2009;8:787-97 pubmed publisher
  8. Zhao H, Zhang J, Lu J, He X, Chen C, Li X, et al. Reduced expression of N-Myc downstream-regulated gene 2 in human thyroid cancer. BMC Cancer. 2008;8:303 pubmed publisher
  9. Oganesian A, Armstrong L, Migliorini M, Strickland D, Bornstein P. Thrombospondins use the VLDL receptor and a nonapoptotic pathway to inhibit cell division in microvascular endothelial cells. Mol Biol Cell. 2008;19:563-71 pubmed
  10. Haugen M, Flatmark K, Mikalsen S, Malandsmo G. The metastasis-associated protein S100A4 exists in several charged variants suggesting the presence of posttranslational modifications. BMC Cancer. 2008;8:172 pubmed publisher
  11. Mauger D, Lin C, Garcia-Blanco M. hnRNP H and hnRNP F complex with Fox2 to silence fibroblast growth factor receptor 2 exon IIIc. Mol Cell Biol. 2008;28:5403-19 pubmed publisher
  12. Utsunomiya H, Cheng Y, Lin Z, Reierstad S, Yin P, Attar E, et al. Upstream stimulatory factor-2 regulates steroidogenic factor-1 expression in endometriosis. Mol Endocrinol. 2008;22:904-14 pubmed publisher
  13. Levy-Adam F, Feld S, Suss-Toby E, Vlodavsky I, Ilan N. Heparanase facilitates cell adhesion and spreading by clustering of cell surface heparan sulfate proteoglycans. PLoS ONE. 2008;3:e2319 pubmed publisher
  14. Shim M, Eling T. Vitamin E succinate induces NAG-1 expression in a p38 kinase-dependent mechanism. Mol Cancer Ther. 2008;7:961-71 pubmed publisher
  15. Dilly A, Rajala R. Insulin growth factor 1 receptor/PI3K/AKT survival pathway in outer segment membranes of rod photoreceptors. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2008;49:4765-73 pubmed publisher
  16. Samee N, Geoffroy V, Marty C, Schiltz C, Vieux-Rochas M, Levi G, et al. Dlx5, a positive regulator of osteoblastogenesis, is essential for osteoblast-osteoclast coupling. Am J Pathol. 2008;173:773-80 pubmed publisher
  17. Li X, Huang M, Zheng H, Wang Y, Ren F, Shang Y, et al. CHIP promotes Runx2 degradation and negatively regulates osteoblast differentiation. J Cell Biol. 2008;181:959-72 pubmed publisher
  18. de Ostrovich K, Lambertz I, Colby J, Tian J, Rundhaug J, Johnston D, et al. Paracrine overexpression of insulin-like growth factor-1 enhances mammary tumorigenesis in vivo. Am J Pathol. 2008;173:824-34 pubmed publisher
  19. Lin M, Jackson P, Tester A, Diaconu E, Overall C, Blalock J, et al. Matrix metalloproteinase-8 facilitates neutrophil migration through the corneal stromal matrix by collagen degradation and production of the chemotactic peptide Pro-Gly-Pro. Am J Pathol. 2008;173:144-53 pubmed publisher
  20. Liao C, Luo S, Li L, Lin C, Chen Y, Jiang M. CSE1L/CAS, the cellular apoptosis susceptibility protein, enhances invasion and metastasis but not proliferation of cancer cells. J Exp Clin Cancer Res. 2008;27:15 pubmed publisher
  21. Rubie C, Frick V, Wagner M, Schuld J, Graber S, Brittner B, et al. ELR+ CXC chemokine expression in benign and malignant colorectal conditions. BMC Cancer. 2008;8:178 pubmed publisher
  22. Aleksunes L, Cui Y, Klaassen C. Prominent expression of xenobiotic efflux transporters in mouse extraembryonic fetal membranes compared with placenta. Drug Metab Dispos. 2008;36:1960-70 pubmed publisher
  23. Dianzani C, Brucato L, Gallicchio M, Rosa A, Collino M, Fantozzi R. Celecoxib modulates adhesion of HT29 colon cancer cells to vascular endothelial cells by inhibiting ICAM-1 and VCAM-1 expression. Br J Pharmacol. 2008;153:1153-61 pubmed
  24. Southwell A, Khoshnan A, Dunn D, Bugg C, Lo D, Patterson P. Intrabodies binding the proline-rich domains of mutant huntingtin increase its turnover and reduce neurotoxicity. J Neurosci. 2008;28:9013-20 pubmed publisher
  25. Petersen A, Carlsson T, Karlsson J, Jonhede S, Zetterberg M. Effects of dexamethasone on human lens epithelial cells in culture. Mol Vis. 2008;14:1344-52 pubmed
  26. Bonilha V, Rayborn M, Shadrach K, Li Y, Lundwall A, Malm J, et al. Semenogelins in the human retina: Differences in distribution and content between AMD and normal donor tissues. Exp Eye Res. 2008;86:150-6 pubmed
  27. Shimoni Y, Chen K, Emmett T, Kargacin G. Aldosterone and the autocrine modulation of potassium currents and oxidative stress in the diabetic rat heart. Br J Pharmacol. 2008;154:675-87 pubmed publisher
  28. Wilcock D, Lewis M, Van Nostrand W, Davis J, Previti M, Gharkholonarehe N, et al. Progression of amyloid pathology to Alzheimer's disease pathology in an amyloid precursor protein transgenic mouse model by removal of nitric oxide synthase 2. J Neurosci. 2008;28:1537-45 pubmed publisher
  29. Carbone D, Moreno J, Tjalkens R. Nuclear factor kappa-B mediates selective induction of neuronal nitric oxide synthase in astrocytes during low-level inflammatory stimulation with MPTP. Brain Res. 2008;1217:1-9 pubmed publisher
  30. Covington H, Tropea T, Rajadhyaksha A, Kosofsky B, Miczek K. NMDA receptors in the rat VTA: a critical site for social stress to intensify cocaine taking. Psychopharmacology (Berl). 2008;197:203-16 pubmed
  31. Epting C, King F, Pedersen A, Zaman J, Ritner C, Bernstein H. Stem cell antigen-1 localizes to lipid microdomains and associates with insulin degrading enzyme in skeletal myoblasts. J Cell Physiol. 2008;217:250-60 pubmed publisher
  32. Ruscheinsky M, de la Motte C, Mahendroo M. Hyaluronan and its binding proteins during cervical ripening and parturition: dynamic changes in size, distribution and temporal sequence. Matrix Biol. 2008;27:487-97 pubmed publisher
  33. Rauh A, Windischhofer W, Kovacevic A, DeVaney T, Huber E, Semlitsch M, et al. Endothelin (ET)-1 and ET-3 promote expression of c-fos and c-jun in human choriocarcinoma via ET(B) receptor-mediated G(i)- and G(q)-pathways and MAP kinase activation. Br J Pharmacol. 2008;154:13-24 pubmed publisher
  34. Shi G, Maminishkis A, Banzon T, Jalickee S, Li R, Hammer J, et al. Control of chemokine gradients by the retinal pigment epithelium. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2008;49:4620-30 pubmed publisher
  35. Reungjui S, Roncal C, Sato W, Glushakova O, Croker B, Suga S, et al. Hypokalemic nephropathy is associated with impaired angiogenesis. J Am Soc Nephrol. 2008;19:125-34 pubmed publisher
  36. Hockings J, Degner S, Morgan S, Kemp M, Romagnolo D. Involvement of a specificity proteins-binding element in regulation of basal and estrogen-induced transcription activity of the BRCA1 gene. Breast Cancer Res. 2008;10:R29 pubmed publisher
  37. Trinchese F, Fa' M, Liu S, Zhang H, Hidalgo A, Schmidt S, et al. Inhibition of calpains improves memory and synaptic transmission in a mouse model of Alzheimer disease. J Clin Invest. 2008;118:2796-807 pubmed publisher
  38. Tokuyama Y, Reddy A, Bethea C. Neuroprotective actions of ovarian hormones without insult in the raphe region of rhesus macaques. Neuroscience. 2008;154:720-31 pubmed publisher
  39. Choi M, Najafi F, Safa A, Drexler H. Analysis of changes in the proteome of HL-60 promyeloid leukemia cells induced by the proteasome inhibitor PSI. Biochem Pharmacol. 2008;75:2276-88 pubmed publisher
  40. Tomishige N, Kumagai K, Kusuda J, Nishijima M, Hanada K. Casein kinase I{gamma}2 down-regulates trafficking of ceramide in the synthesis of sphingomyelin. Mol Biol Cell. 2009;20:348-57 pubmed publisher
  41. Fan H, Zhao Z, Cheng J, Su X, Wu Q, Shan Y. Overexpression of DNA methyltransferase 1 and its biological significance in primary hepatocellular carcinoma. World J Gastroenterol. 2009;15:2020-6 pubmed
  42. Veuger S, Hunter J, Durkacz B. Ionizing radiation-induced NF-kappaB activation requires PARP-1 function to confer radioresistance. Oncogene. 2009;28:832-42 pubmed publisher
  43. Peng T, Chen J, Mao W, Liu X, Tao Y, Chen L, et al. Potential therapeutic significance of increased expression of aryl hydrocarbon receptor in human gastric cancer. World J Gastroenterol. 2009;15:1719-29 pubmed
  44. Sahin O, Frohlich H, Löbke C, Korf U, Burmester S, Majety M, et al. Modeling ERBB receptor-regulated G1/S transition to find novel targets for de novo trastuzumab resistance. BMC Syst Biol. 2009;3:1 pubmed publisher
  45. De Felice F, Vieira M, Bomfim T, Decker H, Velasco P, Lambert M, et al. Protection of synapses against Alzheimer's-linked toxins: insulin signaling prevents the pathogenic binding of Abeta oligomers. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:1971-6 pubmed publisher
  46. Dayal S, Sparks A, Jacob J, Allende-Vega N, Lane D, Saville M. Suppression of the deubiquitinating enzyme USP5 causes the accumulation of unanchored polyubiquitin and the activation of p53. J Biol Chem. 2009;284:5030-41 pubmed publisher
  47. Steimer D, Boyd K, Takeuchi O, Fisher J, Zambetti G, Opferman J. Selective roles for antiapoptotic MCL-1 during granulocyte development and macrophage effector function. Blood. 2009;113:2805-15 pubmed publisher
  48. Yu M, Miller R, Uawithya P, Rinschen M, Khositseth S, Braucht D, et al. Systems-level analysis of cell-specific AQP2 gene expression in renal collecting duct. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:2441-6 pubmed publisher
  49. Hay E, Laplantine E, Geoffroy V, Frain M, Kohler T, Muller R, et al. N-cadherin interacts with axin and LRP5 to negatively regulate Wnt/beta-catenin signaling, osteoblast function, and bone formation. Mol Cell Biol. 2009;29:953-64 pubmed publisher
  50. Way S, McKenna J, Mietzsch U, Reith R, Wu H, Gambello M. Loss of Tsc2 in radial glia models the brain pathology of tuberous sclerosis complex in the mouse. Hum Mol Genet. 2009;18:1252-65 pubmed publisher
  51. Maggio-Price L, Treuting P, Bielefeldt-Ohmann H, Seamons A, Drivdahl R, Zeng W, et al. Bacterial infection of Smad3/Rag2 double-null mice with transforming growth factor-beta dysregulation as a model for studying inflammation-associated colon cancer. Am J Pathol. 2009;174:317-29 pubmed publisher
  52. Nukaya M, Moran S, Bradfield C. The role of the dioxin-responsive element cluster between the Cyp1a1 and Cyp1a2 loci in aryl hydrocarbon receptor biology. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:4923-8 pubmed publisher
  53. Xu L, Chen Y, Song Q, Xu D, Wang Y, Ma D. PDCD5 interacts with Tip60 and functions as a cooperator in acetyltransferase activity and DNA damage-induced apoptosis. Neoplasia. 2009;11:345-54 pubmed
  54. Lam J, Chow K, Xu A, Lam K, Liu J, Wong N, et al. Adiponectin haploinsufficiency promotes mammary tumor development in MMTV-PyVT mice by modulation of phosphatase and tensin homolog activities. PLoS ONE. 2009;4:e4968 pubmed publisher
  55. Smith J, Clarke P, de Billy E, Workman P. Silencing the cochaperone CDC37 destabilizes kinase clients and sensitizes cancer cells to HSP90 inhibitors. Oncogene. 2009;28:157-69 pubmed publisher
  56. Wang F, Tong Q. SIRT2 suppresses adipocyte differentiation by deacetylating FOXO1 and enhancing FOXO1's repressive interaction with PPARgamma. Mol Biol Cell. 2009;20:801-8 pubmed publisher
  57. Qu X, Metz R, Porter W, Cassone V, Earnest D. Disruption of period gene expression alters the inductive effects of dioxin on the AhR signaling pathway in the mouse liver. Toxicol Appl Pharmacol. 2009;234:370-7 pubmed publisher
  58. Wang H, Westin L, Nong Y, Birnbaum S, Bendor J, Brismar H, et al. Norbin is an endogenous regulator of metabotropic glutamate receptor 5 signaling. Science. 2009;326:1554-7 pubmed publisher
  59. Heallen T, Zhang M, Wang J, Bonilla-Claudio M, Klysik E, Johnson R, et al. Hippo pathway inhibits Wnt signaling to restrain cardiomyocyte proliferation and heart size. Science. 2011;332:458-61 pubmed publisher
  60. Cooley R, Rhoads T, Arp D, Karplus P. A diiron protein autogenerates a valine-phenylalanine cross-link. Science. 2011;332:929 pubmed publisher
  61. Shema R, Haramati S, Ron S, Hazvi S, Chen A, Sacktor T, et al. Enhancement of consolidated long-term memory by overexpression of protein kinase Mzeta in the neocortex. Science. 2011;331:1207-10 pubmed publisher
  62. Eastwood D, Floudas D, Binder M, Majcherczyk A, Schneider P, Aerts A, et al. The plant cell wall-decomposing machinery underlies the functional diversity of forest fungi. Science. 2011;333:762-5 pubmed publisher
  63. Shi W, Zhang X, Jiang X, Yuan H, Lee J, Barry C, et al. Pyrazinamide inhibits trans-translation in Mycobacterium tuberculosis. Science. 2011;333:1630-2 pubmed publisher
  64. Zhao Y, Araki S, Wu J, Teramoto T, Chang Y, Nakano M, et al. An expanded palette of genetically encoded Ca²⁺ indicators. Science. 2011;333:1888-91 pubmed publisher
  65. Locke J, Young J, Fontes M, Hernández Jiménez M, Elowitz M. Stochastic pulse regulation in bacterial stress response. Science. 2011;334:366-9 pubmed publisher
  66. Fryer J, Yu P, Kang H, Mandel-Brehm C, Carter A, Crespo-Barreto J, et al. Exercise and genetic rescue of SCA1 via the transcriptional repressor Capicua. Science. 2011;334:690-3 pubmed publisher
  67. Treusch S, Hamamichi S, Goodman J, Matlack K, Chung C, Baru V, et al. Functional links between Aβ toxicity, endocytic trafficking, and Alzheimer's disease risk factors in yeast. Science. 2011;334:1241-5 pubmed publisher
  68. Hincke M, Chien Y, Gerstenfeld L, McKee M. Colloidal-gold immunocytochemical localization of osteopontin in avian eggshell gland and eggshell. J Histochem Cytochem. 2008;56:467-76 pubmed publisher
  69. Griesbach G, Hovda D, Gomez-Pinilla F, Sutton R. Voluntary exercise or amphetamine treatment, but not the combination, increases hippocampal brain-derived neurotrophic factor and synapsin I following cortical contusion injury in rats. Neuroscience. 2008;154:530-40 pubmed publisher
  70. Okamoto K, Mori Y, Komoda Y, Okamoto T, Okochi M, Takeda M, et al. Intramembrane processing by signal peptide peptidase regulates the membrane localization of hepatitis C virus core protein and viral propagation. J Virol. 2008;82:8349-61 pubmed publisher
  71. Zhou H, Yang H, Li Y, Wang Y, Yan L, Guo X, et al. Changes in Glial cell line-derived neurotrophic factor expression in the rostral and caudal stumps of the transected adult rat spinal cord. Neurochem Res. 2008;33:927-37 pubmed
  72. Verma V, Sauer T, Chan C, Zhou M, Zhang C, Maminishkis A, et al. Constancy of ERp29 expression in cultured retinal pigment epithelial cells in the Ccl2/Cx3cr1 deficient mouse model of age-related macular degeneration. Curr Eye Res. 2008;33:701-7 pubmed publisher
  73. Bonneh-Barkay D, Bissel S, Wang G, Fish K, Nicholl G, Darko S, et al. YKL-40, a marker of simian immunodeficiency virus encephalitis, modulates the biological activity of basic fibroblast growth factor. Am J Pathol. 2008;173:130-43 pubmed publisher
  74. Moore R, Knottenbelt D, Matthews J, Beynon R, Whitfield P. Biomarkers for ragwort poisoning in horses: identification of protein targets. BMC Vet Res. 2008;4:30 pubmed publisher
  75. Aprigliano I, Dudas J, Ramadori G, Saile B. Atorvastatin induces apoptosis by a caspase-9-dependent pathway: an in vitro study on activated rat hepatic stellate cells. Liver Int. 2008;28:546-57 pubmed publisher
  76. Lu C, Willingham M, Furuya F, Cheng S. Activation of phosphatidylinositol 3-kinase signaling promotes aberrant pituitary growth in a mouse model of thyroid-stimulating hormone-secreting pituitary tumors. Endocrinology. 2008;149:3339-45 pubmed publisher
  77. Colombatti M, Grasso S, Porzia A, Fracasso G, Scupoli M, Cingarlini S, et al. The prostate specific membrane antigen regulates the expression of IL-6 and CCL5 in prostate tumour cells by activating the MAPK pathways. PLoS ONE. 2009;4:e4608 pubmed publisher
  78. Takahashi K, Koga K, Linge H, Zhang Y, Lin X, Metz C, et al. Macrophage CD74 contributes to MIF-induced pulmonary inflammation. Respir Res. 2009;10:33 pubmed publisher
  79. Ernoult-Lange M, Wilczynska A, Harper M, Aigueperse C, Dautry F, Kress M, et al. Nucleocytoplasmic traffic of CPEB1 and accumulation in Crm1 nucleolar bodies. Mol Biol Cell. 2009;20:176-87 pubmed publisher
  80. Zhang S, MacDonald K, Baguma-Nibasheka M, Geldenhuys L, Casson A, Murphy P. Alternative splicing and differential subcellular localization of the rat FGF antisense gene product. BMC Mol Biol. 2008;9:10 pubmed publisher
  81. Zhang X, Chen H, Jaramillo E, Wang L, D'MELLO S. Histone deacetylase-related protein inhibits AES-mediated neuronal cell death by direct interaction. J Neurosci Res. 2008;86:2423-31 pubmed publisher
  82. Guo X, Zhang G, Wang J, Liu W, Wang F, Dong J, et al. Prognostic relevance of Centromere protein H expression in esophageal carcinoma. BMC Cancer. 2008;8:233 pubmed publisher
  83. Bereczki O, Ujfaludi Z, Pardi N, Nagy Z, Tora L, Boros I, et al. TATA binding protein associated factor 3 (TAF3) interacts with p53 and inhibits its function. BMC Mol Biol. 2008;9:57 pubmed publisher
  84. Mitra A, Fillmore R, Metge B, Rajesh M, Xi Y, King J, et al. Large isoform of MRJ (DNAJB6) reduces malignant activity of breast cancer. Breast Cancer Res. 2008;10:R22 pubmed publisher
  85. Krady M, Zeng J, Yu J, MacLauchlan S, Skokos E, Tian W, et al. Thrombospondin-2 modulates extracellular matrix remodeling during physiological angiogenesis. Am J Pathol. 2008;173:879-91 pubmed publisher
  86. Hagan G, Lin Y, Magnuson M, Avruch J, Czech M. A Rictor-Myo1c complex participates in dynamic cortical actin events in 3T3-L1 adipocytes. Mol Cell Biol. 2008;28:4215-26 pubmed publisher
  87. Shah S, Blumen S, Pitha-Rowe I, Kitareewan S, Freemantle S, Feng Q, et al. UBE1L represses PML/RAR{alpha} by targeting the PML domain for ISG15ylation. Mol Cancer Ther. 2008;7:905-14 pubmed publisher
  88. Paukku K, Kalkkinen N, Silvennoinen O, Kontula K, Lehtonen J. p100 increases AT1R expression through interaction with AT1R 3'-UTR. Nucleic Acids Res. 2008;36:4474-87 pubmed publisher
  89. Jearawiriyapaisarn N, Moulton H, Buckley B, Roberts J, Sazani P, Fucharoen S, et al. Sustained dystrophin expression induced by peptide-conjugated morpholino oligomers in the muscles of mdx mice. Mol Ther. 2008;16:1624-9 pubmed publisher
  90. Yeh J, Kim B, Gaines L, Peresie J, Page C, Arroyo A. The expression of hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated (HCN) channels in the rat ovary are dependent on the type of cell and the reproductive age of the animal: a laboratory investigation. Reprod Biol Endocrinol. 2008;6:35 pubmed publisher
  91. Lu B, PereiraPerrin M. A novel immunoprecipitation strategy identifies a unique functional mimic of the glial cell line-derived neurotrophic factor family ligands in the pathogen Trypanosoma cruzi. Infect Immun. 2008;76:3530-8 pubmed publisher
  92. Mancia F, Assur Z, Herman A, Siegel R, Hendrickson W. Ligand sensitivity in dimeric associations of the serotonin 5HT2c receptor. EMBO Rep. 2008;9:363-9 pubmed publisher
  93. Misawa T, Arima K, Mizusawa H, Satoh J. Close association of water channel AQP1 with amyloid-beta deposition in Alzheimer disease brains. Acta Neuropathol. 2008;116:247-60 pubmed publisher
  94. Dhiman M, Nakayasu E, Madaiah Y, Reynolds B, Wen J, Almeida I, et al. Enhanced nitrosative stress during Trypanosoma cruzi infection causes nitrotyrosine modification of host proteins: implications in Chagas' disease. Am J Pathol. 2008;173:728-40 pubmed publisher
  95. Sasaki T, Nakamura T, Rebhun R, Cheng H, Hale K, Tsan R, et al. Modification of the primary tumor microenvironment by transforming growth factor alpha-epidermal growth factor receptor signaling promotes metastasis in an orthotopic colon cancer model. Am J Pathol. 2008;173:205-16 pubmed publisher
  96. Weston A, Absi M, Harno E, Geraghty A, Ward D, Ruat M, et al. The expression and function of Ca(2+)-sensing receptors in rat mesenteric artery; comparative studies using a model of type II diabetes. Br J Pharmacol. 2008;154:652-62 pubmed publisher
  97. Upritchard H, Cordwell S, Lamont I. Immunoproteomics to examine cystic fibrosis host interactions with extracellular Pseudomonas aeruginosa proteins. Infect Immun. 2008;76:4624-32 pubmed publisher
  98. Honda M, Eriksson K, Zhang S, Tanaka S, Lin L, Salehi A, et al. IGFBP3 colocalizes with and regulates hypocretin (orexin). PLoS ONE. 2009;4:e4254 pubmed publisher
  99. O'Hagan K, Cocchiglia S, Zhdanov A, Tambuwala M, Tambawala M, Cummins E, et al. PGC-1alpha is coupled to HIF-1alpha-dependent gene expression by increasing mitochondrial oxygen consumption in skeletal muscle cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:2188-93 pubmed publisher
  100. Salvi A, Bongarzone I, Miccichè F, Arici B, Barlati S, De Petro G. Proteomic identification of LASP-1 down-regulation after RNAi urokinase silencing in human hepatocellular carcinoma cells. Neoplasia. 2009;11:207-19 pubmed
  101. Suchodolski P, Izumiya Y, Lupiani B, Ajithdoss D, Gilad O, Lee L, et al. Homodimerization of Marek's disease virus-encoded Meq protein is not sufficient for transformation of lymphocytes in chickens. J Virol. 2009;83:859-69 pubmed publisher
  102. Izikki M, Guignabert C, Fadel E, Humbert M, Tu L, Zadigue P, et al. Endothelial-derived FGF2 contributes to the progression of pulmonary hypertension in humans and rodents. J Clin Invest. 2009;119:512-23 pubmed publisher
  103. Hoskins E, Morris T, Higginbotham J, Spardy N, Cha E, Kelly P, et al. Fanconi anemia deficiency stimulates HPV-associated hyperplastic growth in organotypic epithelial raft culture. Oncogene. 2009;28:674-85 pubmed publisher
  104. Shull E, Lee Y, Nakane H, Stracker T, Zhao J, Russell H, et al. Differential DNA damage signaling accounts for distinct neural apoptotic responses in ATLD and NBS. Genes Dev. 2009;23:171-80 pubmed publisher
  105. Yang W, Heaton J, Brevig H, Mukherjee S, Iniguez-Lluhi J, Hammer G. SUMOylation inhibits SF-1 activity by reducing CDK7-mediated serine 203 phosphorylation. Mol Cell Biol. 2009;29:613-25 pubmed publisher
  106. Gibbs S, Barren B, Beck K, Proft J, Zhao X, Noskova T, et al. Hsp40 couples with the CSPalpha chaperone complex upon induction of the heat shock response. PLoS ONE. 2009;4:e4595 pubmed publisher
  107. Schnizler M, Schnizler K, Zha X, Hall D, Wemmie J, Hell J, et al. The cytoskeletal protein alpha-actinin regulates acid-sensing ion channel 1a through a C-terminal interaction. J Biol Chem. 2009;284:2697-705 pubmed publisher
  108. Zampieri M, Passananti C, Calabrese R, Perilli M, Corbi N, De Cave F, et al. Parp1 localizes within the Dnmt1 promoter and protects its unmethylated state by its enzymatic activity. PLoS ONE. 2009;4:e4717 pubmed publisher
  109. Halappanavar S, Stampfli M, Berndt-Weis L, Williams A, Douglas G, Yauk C. Toxicogenomic analysis of mainstream tobacco smoke-exposed mice reveals repression of plasminogen activator inhibitor-1 gene in heart. Inhal Toxicol. 2009;21:78-85 pubmed
  110. Xu H, Martinez-Cajas J, Ntemgwa M, Coutsinos D, Frankel F, Brenner B, et al. Effects of the K65R and K65R/M184V reverse transcriptase mutations in subtype C HIV on enzyme function and drug resistance. Retrovirology. 2009;6:14 pubmed publisher
  111. Seidelt B, Innis C, Wilson D, Gartmann M, Armache J, Villa E, et al. Structural insight into nascent polypeptide chain-mediated translational stalling. Science. 2009;326:1412-5 pubmed publisher
  112. Vecchi C, Montosi G, Zhang K, Lamberti I, Duncan S, Kaufman R, et al. ER stress controls iron metabolism through induction of hepcidin. Science. 2009;325:877-80 pubmed publisher
  113. Kir S, Beddow S, Samuel V, Miller P, Previs S, Suino-Powell K, et al. FGF19 as a postprandial, insulin-independent activator of hepatic protein and glycogen synthesis. Science. 2011;331:1621-4 pubmed publisher
  114. Amsili S, Zer H, Hinderlich S, Krause S, Becker-Cohen M, MacArthur D, et al. UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase (GNE) binds to alpha-actinin 1: novel pathways in skeletal muscle?. PLoS ONE. 2008;3:e2477 pubmed publisher
  115. Ralhan R, DeSouza L, Matta A, Chandra Tripathi S, Ghanny S, Datta Gupta S, et al. Discovery and verification of head-and-neck cancer biomarkers by differential protein expression analysis using iTRAQ labeling, multidimensional liquid chromatography, and tandem mass spectrometry. Mol Cell Proteomics. 2008;7:1162-73 pubmed publisher
  116. Meister S, Plouffe D, Kuhen K, Bonamy G, Wu T, Barnes S, et al. Imaging of Plasmodium liver stages to drive next-generation antimalarial drug discovery. Science. 2011;334:1372-7 pubmed publisher
  117. Prins K, Lowe D, Ervasti J. Skeletal muscle-specific ablation of gamma(cyto)-actin does not exacerbate the mdx phenotype. PLoS ONE. 2008;3:e2419 pubmed publisher
  118. de Jesus Perez V, Alastalo T, Wu J, Axelrod J, Cooke J, Amieva M, et al. Bone morphogenetic protein 2 induces pulmonary angiogenesis via Wnt-beta-catenin and Wnt-RhoA-Rac1 pathways. J Cell Biol. 2009;184:83-99 pubmed publisher
  119. Leemput J, Masson C, Bigot K, Errachid A, Dansault A, Provost A, et al. ATM localization and gene expression in the adult mouse eye. Mol Vis. 2009;15:393-416 pubmed
ISSN : 2329-5139