Маркеры клеточных органелл
Nikos Parisis (nnparisis at gmail dot com)
National Institute for Agricultural Research, Montpellier, France
Перевод
Aleksei Stepanenko (a dot a dot stepanenko at gmail dot com)
Laboratory of Biosynthesis of Nucleic Acids, Department of Functional Genomics, 150 Zabolotnogo Street, Kyiv 03680, Ukraine
DOI
//dx.doi.org/10.13070/mm.ru.3.181
Дата
последнего обновления : 2016-10-12; оригинальная версия : 2013-03-24
Цитировать как
MATER METHODS ru 2013;3:181
Абстракт

Полное собрание маркеров клеточных органелл.

English Abstract

A comprehensive compilation of organelle markers.

Клетки представляют собой не просто мешочки протоплазмы. Они содержат органеллы и структуры, каждая из которых имеет определенные функции. Для получения детальной характеристики органелл и их состава очистка в большинстве случаев является обязательным условием. Кроме того, характеристика нового белка требует знания его локализации. Использование в качестве рефренса другие белки, локализация которых установлена (маркеры), является хорошей стратегией. В этом обзоре будут обсуждаться белки, используемые в качестве маркеров органелл в иммуноблотинге и иммунофлюоресценции. Во второй части этого обзора описаны несколько методов для фракционирования и очистки органелл .

БелокПолное названиеUniprot accessionID генаNumГлавных три поставщика
Golgi
GM130 Гольджин субсемейство А член 2 Q08379 2801 46 BD Biosciences (39), Abcam (2), Enzo Life Sciences (1)
TGN38 Интегральный мембранный белок 2 сети транс-Гольджи O43493 10618 15 AbD Serotec (Bio-Rad) (7), BD Biosciences (6), EMD Millipore (1)
RCAS1 рецептор-связывающий раковый антиген, экспрессированный на SiSo клетках O00559 9166 5MBL International (3), EMD Millipore (1)
альфа-Маннозидаза 2 Q16706 4124 4BioLegend (2), EMD Millipore (2)
синтаксин 6 O43752 10228 3 BD Biosciences (3)
FTCD формидоилтрансфераза-циклодеаминаза O95954 10841
b4Gal бета-1,4-галактозилтрансфераза 6 Q9UBX8 9331 1
Митохондрия
AIF апоптоз-индуцирующий фактор O95831 9131 7 EMD Millipore (3), Santa Cruz Biotechnology (2), Epitomics (2)
COX цитохром с оксидаза субъединица 1 P00395 4512 5 EMD Millipore (1), Thermo Scientific (1), Abcam (1)
VDAC1 белок порин 1 внешней митохондриальной мембраны P21796 7416 2 EMD Millipore (1), Thermo Scientific (1)
CPS1 карбамоил-фосфат синтаза P31327 1373 1 Abcam (1)
прохибитин P35232 5245 1 Thermo Scientific (1)
гексокиназа 1 P19367 3098
Хроматин
гистон H3.1 P68431 8968 35 EMD Millipore (27), Cell Signaling Technology (4), Abcam (2)
TERF1 теломерный повтор-связывающий фактор P54274 7013 3 Santa Cruz Biotechnology (1), EMD Millipore (1), Sigma-Aldrich (1)
гистон H2A Q7L7L0 92815
гистон H4 P62805 8359 1 EMD Millipore (1)
TERF2IP теломерный повтор-связывающий фактор 2-взаимодействующий белок 1 Q9NYB0 54386 1Bethyl (1)
гистон H2B P33778 3018
Ядерная оболочка
преламин A/C P02545 4000 13 Santa Cruz Biotechnology (6), AbD Serotec (Bio-Rad) (2), Cell Signaling Technology (2)
ламин B1 P20700 4001 3 Santa Cruz Biotechnology (2), EMD Millipore (1)
белок Nup98 ядерного порового комплекса P52948 4928 1
Ядрышко
Nop1p фибрилларин P22087 2091 8 Abcam (5), Cytoskeleton (2), Individual Researcher (1)
ДНК-направляемая РНК полимераза I субъединица RPA34 O15446 10849
Nop2p рибосомальная РНК метилтрансфераза NOP2 P46087 4839
Эндосомы
EEA1 ранних эндосом антиген 1 Q15075 8411 61 BD Biosciences (41), Santa Cruz Biotechnology (8), Thermo Scientific (6)
тяжелая цепь клатрина 1 Q00610 1213 13 BD Biosciences (6), Santa Cruz Biotechnology (2), Thermo Scientific (2)
Rab5 Ras-родственный белок Rab5 P20339 5868 11 BD Biosciences (9), Santa Cruz Biotechnology (1)
Rab11 Ras-родственный белок Rab-11A P62491 8766 4 Thermo Scientific (1), Santa Cruz Biotechnology (1), Abcam (1)
Rab9 Ras-родственный белок Rab-9a P51151 9367 2 Thermo Scientific (2)
Rab7 Ras-родственный белок Rab-7a P51149 7879 1 Santa Cruz Biotechnology (1)
легкая цепь клатрина B P09497 1212
AP-2 AP-2 комплекс субъединица сигма P53680 1175
Экзосомы
HSPA8 Q96IS6 3312 5 Enzo Life Sciences (3), Abcam (1), Thermo Scientific (1)
CD81 антиген P60033 975 5 BD Biosciences (4), Santa Cruz Biotechnology (1)
CD9 антиген P21926 928 4
Эндоплазматический ретикулум
кальнексин P27824 821 30 Enzo Life Sciences (17), BD Biosciences (4), Santa Cruz Biotechnology (3)
кальретикулин P27797 811 19 Enzo Life Sciences (8), EMD Millipore (4), Santa Cruz Biotechnology (2)
GRP78 глюкоза-регулируемый белок 78 kDa P11021 3309 18Enzo Life Sciences (10), BD Biosciences (4), Santa Cruz Biotechnology (3)
PDI Дисульфид-изомераза белков P07237 5034 4 Enzo Life Sciences (4)
Микротрубочки
альфа-тубулин Q71U36 7846 32 BD Biosciences (39), Abcam (2), Enzo Life Sciences (1)
бета-тубулин III (нейроналный) Q13509 10381 28 BD Biosciences (39), Abcam (2), Enzo Life Sciences (1)
Центросома
гамма-тубулин P23258 7283 23 Sigma-Aldrich (21), Santa Cruz Biotechnology (1), Abcam (1)
перицентрин O95613 5116 7 BioLegend (2), Abcam (2), Individual Researcher (1)
нинеин Q9Y2I6 22981
Актиновые филаменты
актин альфа (гладкая мускулатура) P62736 59 30 Sigma-Aldrich (13), Dako (12), Epitomics (1)
Аутофагосомы и лизосомы
LAMP1 С лизосомами ассоциированный мембранный белок 1 P11279 3916 35 BD Biosciences (13), Developmental Studies Hybridoma Bank (9), Santa Cruz Biotechnology (6)
LAMP2 С лизосомами ассоциированный мембранный белок 2 P13473 3920 15 Developmental Studies Hybridoma Bank (7), Santa Cruz Biotechnology (3), Abcam (2)
LC3 С микротрубочками ассоциированные белки 1A/1B легкая цепь 3A Q9H492 84557 6MBL International (3), Abgent (2), Nanotools (1)
бета-галактозидаза P16278 2720 4 Abcam (1), Thermo Scientific (1), Fitzgerald Industries (1)
Apg12 ATG12 аутофагия родственный 12 C1IDX9 9140 1 Cell Signaling Technology (1)
Apg5 аутофагия белок 5 Q9H1Y0 9474 1 Santa Cruz Biotechnology (1)
Меланосомы
OA1Антиген меланомы 1, узнаваемый Т-клетками Q16655 2315 5 Dako (3), BioLegend (1), Nichirei Biosciences Inc. (1)
Gp100 меланоцитарный белок PMEL P40967 6490 2Enzo Life Sciences (1), Thermo Scientific (1)
TYRP1 тирозиназа-родственный белок 1 Q6LES1 7306 1 Santa Cruz Biotechnology (1)
Dct / TYRP2 тирозиназа-родственный белок 2 P40126 1638
Peroxisomes
каталаза P04040 847 1Fitzgerald Industries (1)
ацил-коэнзимА-тиоэстераза 8 O14734 10005
PEX3 пероксин фактор 3 P56589 8504
Рибосомы
rpS6 рибосомальный белок s6 P62753 6194 9 Cell Signaling Technology (9)
60S рибосомальный белок L7a P62424 6130
60S рибосомальный белок L26 P61254 6154
Протеасомы
20S протеосома альфа-субъединица P25786 5682 5 EMD Millipore (3), Sigma-Aldrich (1), Affiniti (1)
протеосомная субъединица бета тип 5 P28074 5693
26S протеазная регуляторная субъединица 4 P62191 5700
Rpn2 26S протеосомная не-АТФазная регуляторная субъединица 1 Q99460 5707
Cim5 26S протеазная регуляторная субъединица 7 P51665 5713
Митоз
фозфогистон H3 P68431 8968 35 EMD Millipore (27), Cell Signaling Technology (4), Abcam (2)
Цитокинезис
Аврора B киназа Q96GD4 9212 13 BD Biosciences (9), Abcam (3), Rockland Immunochemicals (1)
Table 1. Маркеры органелл и их статистика использования из анализа более 10.000 публикаций, проведенный Labome. Num: число публикаций с использованием антител в иммуноцитохимии или иммуногистохимии.
Маркеры аппарата Гольджи

Основная функция для Гольджи аппарата является правильный фолдинг макромолекул и их секреция во внеклеточную среду (экзоцитоз через сеть транс-Гольджи) или их транспортировка вместе с другими белками и липидами во внутриклеточной среде (стеки Гольджи). Golgis также могут синтезировать протеогликаны и углеводы. Они, как правило, разбираются во время митоза и вновь собираются после митоза в каждой дочерней клетке [1].

Маркеры клеточных органелл Рисунок 1
Рисунок 1. Маркеры органелл - Обзор. (Разрешение на использование оригинальной картинки: Servier Medical Art)
RCAS1 или EBAG9

Рецептор-связывающий опухолевый антиген, экспрессируемый на SiSo клетках, представляет собой тип III трансмембранный белок [2] и локализован в ЭР-Гольджи промежуточном компартменте и в цис-Гольджи [3].

Синтаксин 6

в основном обнаруживается в аппарате Гольджи и участвует во внутриклеточной транспортировке везикул [4].

Формидоилтрансфераза-циклодеаминаза (FTCD)

58 кДа фермент с трансферазной и деаминазной активностью. Локализован в аппарате Гольджи и облегчает сборку виментина, отходящего от Гольджи аппарата, но недавно был также обраружен в центросоме [5].

Гольджин субсемейство А член 2 (or GM130)

является аутоантигеном аппарата Гольджи, который, вероятно, имеет функцию в ЭР-Гольджи транспорте [6].

Альфа-маннозидаза II

локализована на мембране Гольджи и участвует в гликозилировании белков, поскольку регулирует этапы синтеза N-гликанов.

Бета 1,4-галактозилтрансфераза 6 (b4Gal-T6)

участвует в биосинтезе гликосфинголипидов и является еще одним маркером внутренней мембраны Гольджи.

TGN38

регулирует мембранный трафик от сети транс-Гольджи (секреторный механизм) к плазматической мембране. При обработке Brefeldin A стек Гольджи деорганизуются и сеть транс-Гольджи разрушается на центросоме. Таким образом, TGN38 окрашивание отличает транс-Гольджи сеть от стека Гольджи [7].

Митохондриальные маркеры

Митохондрия (греческий mitos, μίτος = нить + chondrion, χονδρίον = зернышко, крупинка) является органеллой размером 0.5-1.0 мкм в диаметре. Митохондрии рассматриваются как клеточные электростанции, поскольку обеспечивают энергией клетку в виде аденозинтрифосфата (АТФ), но также имеют и другие функции. Митохондрии состоят из внутренней и наружной мембраны, межмембранного пространства, крист и матрицы, и содержат свою собственную ДНК отделено от ядерной. В организме человека было обнаружено более 600 различных белков [8], и некоторые из них используются как маркеры.

Маркеры клеточных органелл Рисунок 2
Рисунок 2. (A) Адаптировано из [21], PTTG1 ассоциирован с Гольджи аппаратом, поскольку колокализуется с GM130 в RPE1 клетках. (B) Адаптировано из [22], ZnT2 локализуется с поздними эндосомами и ЭР, колокализуясь с M6PR и PDI, соответственно. (C) Адаптировано из [23], локализация ATZ в ЭР показана в Hepa 1-6 клетках, используя кальнексин как маркер. (D) Иммунофлуоресценция ДНК, микротрубочек и центросом после окрашивания DAPI, альфа-тубулинома и гамма-тубулином, соответственно - Адаптировано из Abcam. (E) Иммунофлуоресценция митотических клеткок HeLa: окрашивание хромосом DAPI, CREST - центромер и H3S10ph - митотических хромосом. Адаптировано из [24].
Карбамоилфосфат синтаза I (CPS1)

163 кДа митохондриальный изофермент этого фермента, который участвует в цикле мочевины и удаляет избыток аммиака из клетки. CPS1 является маркером митохондрий печени и почек .

Прохибитин

30 кДа белок внутренней митохондриальной мембраны, вероятно, регулирующий дыхание митохондрий. Он участвует в ряде процессов, включая апоптоз, регуляцию клеточного цикла и старения. Прохибитин более обильно экспрессируется во время G1 фазы клеточного цикла и при обработке thiampenicol, ингибитором синтеза митохондриальных белков [9].

Цитохром с оксидаза (COX)

является белковым комплексом внутренней митохондриальной мембраны [10]. Он участвует в транслокации протонов во время синтеза АТФ. Большинство из субъединиц COX могут быть хорошими митохондриальными маркерами.

Апоптоз-индуцирующий фактор (AIF, PDCD8)

67 кДа белок из межмембранного пространства и экспрессируется повсеместно. В митохондриях AIF функционирует как оксидоредуктаза и обладает антиапоптозной активностью. Однако во время апоптотических сигналов AIF высвобождается в цитоплазму и транслоцируется в ядро, чтобы индуцировать ядерный апоптоз.

Гексокиназа

100 кДа киназа внешней митохондриальной мембраны, катализирующая первый этап гликолиза. Гексокиназа фосфорилирует гексозы (сахара с шестью углеродами) с образованием фосфата гексозы (например, глюкозо-6-фосфата из глюкозы).

VDAC1

(наружный митохондриальный мембранный белок порин 1) является мембранным рецептором для гексокиназы и BCL2L1.

Ядерные маркеры

Есть несколько белков, которые используются для разделения различных ядерных структур друг от друга:

Хроматин:

Молекула ДНК конденсируется, когда она оборачивается вокруг четырех основных гистонов (H2A, H2B, H3, H4 - которые образуют октамер) и образует нуклеосомы. Гистон H1 представляет собой белок-линкер, который связывается с отдаленными областями хроматина и уплотняет его дальше. ДНК с гистонами и другими белками, которые с ней ассоциированы (чтобы регулировать транскрипцию, репликацию, репарацию и т.д.), называется хроматин.

Таким образом, любой краситель, который связывается с ДНК, может быть использован в качестве маркера хроматина. Например, 4',6-диамидино-2-фенилиндол (DAPI) и красители Hoechst 33258 и Hoechst 33342 являются наиболее распространенными. Бромдезоксиуридином (BrdU) является синтетическим нуклеозидом, используемым для обнаружения пролиферирующих клеток. 5-этинил-2'-деоксиуридин (EdU) окрашивание также эффективно.

Все основные коровые гистоны необходимы для формирования нуклеосом. Таким образом, анти-гистон антитела маркеруют хроматин. Антитела, специфические к различным модификациям гистонов, могут различать эухроматин (например, H3K4me3 или H3K36me3) и гетерохроматин (например, H4K20me3). Фосфогистон Н3 также может быть использован для определения митотического состояния клеток [11].

Теломерный повтор-связывающий фактор 2-взаимодействующий белок 1 (TERF-1, RAP1) локализуется на теломерах и регулирует длину теломер.

Ядерная оболочка:

Внутренняя мембрана состоит из сети промежуточных филаментов, ламин, в то время как внешняя мембрана физически связан с эндоплазматической сетью, таким образом, имеет с ней некоторые общие протеины. Небольшие отверстия на ядерной оболочки представляют собой ядерные поровые комплексы около 100 нм диаметром, и они соединяют внутреннюю с внешней ядерной мембраной, а также контролируют импорт и экспорт белков.

Ламин A (74 kDa) и ламин C, а также ламин B (68 kDa), могут быть обнаружены с помощью антител, для демонстрации того, что ядерная оболочка разобрана во время митоза. Во время апоптоза ламин А и С расщепляются на два фрагмента 40-50 кДа и 28 кДа.

Нуклеопорин 98 (NUP98) является компонентом ядерного порового комплекса.

Ядрышко:

Ядрышко является немембранной структурой внутри ядра клетки, где транскрибируется рибосомная РНК. Белковые компоненты ядрышек могут быть использованы в качестве маркеров, например, РНК-полимераза PAF49, ядрышковый белок 1 (Nop1p/фибрилларин), Nop2p, Nop5p и Nsr1p.

Эндосомальные маркеры

Эндосомы являются цитоплазматическими компартментами, которые транспортируют молекулы от мембраны к другим частям клетки. Обычно эндоцитируемые комплексы (например, рецептор-лиганд) разделяются в ранних эндосомах, и каждый компонент может быть перенесен на новое место (например, лизосомы, аппарат Гольджи, ядро и т.д.) через поздние эндосомы.

Rab5, Rab7, Rab9 и Rab11

Rab5 является небольшой ГТФазой (24 кДа) из семейства Ras, которая перемещается между плазматической мембраной и ранними эндосомами и регулирует везикулярный транспорт и слияние плазматической мембраны с ранними эндосомами через его взаимодействие с другими белками. Rab7, Rab9 и Rab11 также годятся как маркеры эндосом.

EEA1

Одним из Rab5 взаимодействующих белков является ранний эндосом антиген 1 (EEA1). Это белок размером 162 кДа, участвующий в эндосомальном трафике.

Клатрин и адапторный белок 2 (AP-2)

Другими структурами для эндоцитоза и переноса молекул являются клатриновые ямки (или везикулы). Эти везикулы окружены белковой оболочкой, которая упаковывает мембранные рецепторы и другие молекулы. Клатрин и адапторный белок-2 (АР-2) являются прекрасными маркерами клатриновых везикул.

Экзосомальные маркеры

Иногда эндосомы сливаться с плазматической мембраной и секретируются во внеклеточную среду, представляя собой механизм секреции. Экзосомы имеют важное значение, поскольку они содержат цитоплазматические и мембранные белки, а также липиды и молекулы РНК, которые могут быть потенциальными биомаркерами конкретных заболеваний.

HSPA8 и тетраспиновые белки CD81 и CD9 являются хорошими маркерами экзосом [7].

Маркеры эндоплазматического ретикулума

Эндоплазматическая сеть (ЭР) является цитоплазматической структурой, содержащей множество шаперонов, которые помогают полипептидам принять правильную структуру и сформировать белковые комплексы. Большинство белков ЭР содержат KDEL мотивы (лизин-аспартат-глутамин-лейцин) и удерживаются за счет взаимодействия с внутренним ЭР KDEL рецептором. Таким образом, анти-KDEL-антитела, распознающие данный мотив, используются в качестве положительного маркера ЭР.

Кальнексин

представляет собой 90 кДа интегральный мембранный белок ЭР, который связывает развернутые белки и задерживает их в ЭР.

Кальретикулин

48 кДа шаперон в ЭР с KDEL мотивома на С-конце, связывает моногликозилированные белки, синтезируемые в ЭР.

GRP 78

регулируемый глюкозой белок 78 кДа (GRP 78) содержит KDEL мотив и способствует сборке белковых комплексов в ЭР. Имеет важное значение для жизнеспособности клеток

Дисульфид-изомераза белков (PDI)

Дисульфид-изомераза белков локализуется в ЭР благодаря KDEL домену. Имеет несколько функций, включая формирование дисульфидных связей.

Цитоскелетные маркеры
Микротрубочки:

Микротрубочки представляют собой вытянутые нити, состоящие из тубулина. Альфа-тубулин и бета-тубулин являются глобулярными белками 55 кДа, которые образуют гетеродимеры; они полимеризуются с образованием цилиндрических микротрубочек. Они участвуют в многочисленных клеточных функциях и особенно в поддержании структуры клеток, внутриклеточном транспорте или формировании митотических веретен, которые отделяют сестринские хроматиды во время клеточного деления. Полимеризация тубулина начинается в центросоме, которая представляет собой центр организации микротрубочек в интерфазе, и полюсах веретена во время митоза, где отдельные белковые комплексы образуют каркас для инициирования полимеризации тубулина. Эти комплексы содержат гамма-тубулин. Центросома представлена только одной копией на клетку, но удваивается во время митоза.

Антитела к альфа- или бета-тубулину являются хорошими маркерами микротрубочек.

Анти-гамма-тубулин антитела указывают на центросому. Другими центросомными маркерами являются перицентрин и нинеин. Перицентрин представляет собой белок 220 кДа, участвующий в формировании (нуклеации) микротрубочек. Нинеин является центросомным белком, участвующим в нуклеации микротрубочек и кэпировании минус- и плюс-концов.

Актиновые филаменты:

Подобно микротрубочкам актиновые филаменты представляют собой двойные спиральные тонкие цилиндрические трубки из альфа- или бета-актина. Их динамические циклы полимеризации и деполимеризации регулируют движение и поляризацию клеток. Кроме того, несколько актин-связывающих белков контролируют полимеризацию актина.

Анти-актиновые антитела, которые связываются с актиновыми мономерами или флуоресцентно меченый токсин фаллоидин, который связывается с нитчатым актином.

Аутофагосомы и лизосомы

Автофагосомы являются внутриклеточными органеллами, образованными удлинениями небольших мембранных структур, предшественников аутофагосом, в двойную мембрану, которая окружает поврежденные органеллы. Аутофагосома затем сливается с лизосомой, которая содержит гидролазы и другие ферменты, и происходит деградация [12].

Apg12 и Apg5 ковалентно связаны друг с другом и функционируют как одна единица. Конъюгат Apg12-Apg5 находится в мембране аутофагосом во время элонгации и является хорошим маркером инициации аутофагии. Несколько других Apg изоформ регулируют формирование аутофагосом и слияние с лизосомой, они могут быть использованы как маркеры аутофагосом.

Ассоциированный с микротрубочками белок 1 легкая цепь 3 (LC3) также локализуется на мембране, но LC3 можно найти и на лизосомах, хотя в меньшем изобилии [12]. Озабоченность была вызвана относительно того, является ли Вестерн-блоттинг LC3 и связанного с ним белка sequestosome 1 (SQSTM1, также известный как p62) действительно отражением аутофагосом, особенно в случае p62 [13].

Ассоциированные с лизосомами мембранные белки 1 и 2 (LAMP1; LAMP2) являются компонентами лизосомной мембраны и, следовательно, представляют собой отличные маркеры лизосом. Они были недавно использованы для подтверждения того, что трансмембранный 7 суперсемейство член 1 (TM7SF1) представляет собой интегральной мембранный белок лизосом [14].

Бета-галактозидаза является одной из гликозидаз, которая может быть использована в качестве маркера лизосом.

Катион-зависимый манноза-6-фосфат-рецептор (M6PR) участвует в транспорте лизосомальных ферментов от Гольджи и клеточной поверхности к лизосомам.

Список из примерно 77 белков, которые главным образом обнаруживаются в лизосомах, может быть найден в Lübke et al., [15], хотя не все они подходят в качестве маркеров.

Маркеры меланосом

Меланосомы являются органеллами меланоцитов, кожи и эпителиальных клеток сетчатки. Меланосомы содержат пигмент меланин, который защищает клетки от вредного ультрафиолетового (УФ) излучения

Маркерами меланоцитов может быть тирозиназа, Tyrp1, Dct, OA1, gp100 и MART1 [16].

Маркеры пероксисом

Пероксисомы представляют собой структуры, в которых протекают окислительные реакции, такие как бета-окисление жирные кислот, а также защищают от пероксидов [17].

Fox2p и Fox5p являются пероксисомными мембранными рецепторами.

Каталаза является пероксисомным белком, который защищает клетки от токсического воздействия перекиси водорода.

Ацил-коэнзимА-тиоэстераза 8 принадлежит к группе ферментов, которые катализируют гидролиз ацил-СоА до жирной кислоты и коэнзимаА (CoASH), обеспечивая возможность регулировать внутриклеточные уровни ацил-КоА, свободных жирных кислот и CoASH

Пероксины (24 гена) являются составной частью при формировании пероксисом.

Маркеры рибосом

Рибосомы представляют собой молекулярные комплексы белков и молекул РНК (рибонуклеопротеиды), участвующие в синтезе белков. Они состоят из небольшой 40S субъединицы и большой 60S субъединицы. Несколько рибосом-специфических белков могут быть использованы в качестве маркеров.

Антитела к рибосомальным белкам L7a, L26 (компоненты 60 S субъединицы), S3, S6, S10, S11 (40S субъединица) являются характерными примерами.

Маркеры протеосом

Протеасомы являются мульти-белковыми комплексами, и их функция заключается в протеолитической деградации белков. Каждая протеасома состоит из четырех состыкованных колец, образующих центральную пору, ядро. Семи белковый комплекс (бета-субъединицы) протеолитических ферментов образует два кольца в интерьере, в то время как семь альфа субъединиц образуют вход, через который белки входят и достигают ядра.

Субъединицы 20S протеасомы [18], 26S протеосома, α7 и Rpn2 [19], Pre6, Cim5 and Scl1 [20] обычно используются как маркеры протеасом.

Маркеры клеточного цикла
Маркеры митоза

Гистон H3 фосфорилируется по серину 10 (H3S10ph) и имеет важное значение для начала митоза [11].

Маркеры цитокинеза

Аврора B киназа [11]

Ссылки
  1. Chen X, Andrews P, Wang Y. Quantitative analysis of liver Golgi proteome in the cell cycle. Methods Mol Biol. 2012;909:125-40 pubmed publisher
  2. Nakajima K, Ono K, Nishikawa S, Hieda W, Yoshida T. Interconversion of molecular size of DNA polymerase from Rauscher leukemia virus. Bibl Haematol. 1975;:603-5 pubmed
  3. Wolf J, Reimer T, Schuck S, Rüder C, Gerlach K, Müller E, et al. Role of EBAG9 protein in coat protein complex I-dependent glycoprotein maturation and secretion processes in tumor cells. FASEB J. 2010;24:4000-19 pubmed publisher
  4. Bock J, Lin R, Scheller R. A new syntaxin family member implicated in targeting of intracellular transport vesicles. J Biol Chem. 1996;271:17961-5 pubmed
  5. Hagiwara H, Tajika Y, Matsuzaki T, Suzuki T, Aoki T, Takata K. Localization of Golgi 58K protein (formiminotransferase cyclodeaminase) to the centrosome. Histochem Cell Biol. 2006;126:251-9 pubmed
  6. Weide T, Bayer M, Koster M, Siebrasse J, Peters R, Barnekow A. The Golgi matrix protein GM130: a specific interacting partner of the small GTPase rab1b. EMBO Rep. 2001;2:336-41 pubmed
  7. Taylor S, Fahy E, Zhang B, Glenn G, Warnock D, Wiley S, et al. Characterization of the human heart mitochondrial proteome. Nat Biotechnol. 2003;21:281-6 pubmed
  8. Coates P, Nenutil R, McGregor A, Picksley S, Crouch D, Hall P, et al. Mammalian prohibitin proteins respond to mitochondrial stress and decrease during cellular senescence. Exp Cell Res. 2001;265:262-73 pubmed
  9. Ostermeier C, Iwata S, Michel H. Cytochrome c oxidase. Curr Opin Struct Biol. 1996;6:460-6 pubmed
  10. Porrello E, Mahmoud A, Simpson E, Hill J, Richardson J, Olson E, et al. Transient regenerative potential of the neonatal mouse heart. Science. 2011;331:1078-80 pubmed publisher
  11. Mizushima N, Ohsumi Y, Yoshimori T. Autophagosome formation in mammalian cells. Cell Struct Funct. 2002;27:421-9 pubmed
  12. Gómez-Sánchez R, Pizarro-Estrella E, Yakhine-Diop S, Rodríguez-Arribas M, Bravo-San Pedro J, Fuentes J, et al. Routine Western blot to check autophagic flux: cautions and recommendations. Anal Biochem. 2015;477:13-20 pubmed publisher
  13. Gao J, Xia L, Lu M, Zhang B, Chen Y, Xu R, et al. TM7SF1 (GPR137B): a novel lysosome integral membrane protein. Mol Biol Rep. 2012;39:8883-9 pubmed publisher
  14. Lübke T, Lobel P, Sleat D. Proteomics of the lysosome. Biochim Biophys Acta. 2009;1793:625-35 pubmed publisher
  15. Basrur V, Yang F, Kushimoto T, Higashimoto Y, Yasumoto K, Valencia J, et al. Proteomic analysis of early melanosomes: identification of novel melanosomal proteins. J Proteome Res. 2003;2:69-79 pubmed
  16. Purdue P, Lazarow P. Peroxisome biogenesis. Annu Rev Cell Dev Biol. 2001;17:701-52 pubmed
  17. Chu Y, Dodiya H, Aebischer P, Olanow C, Kordower J. Alterations in lysosomal and proteasomal markers in Parkinson's disease: relationship to alpha-synuclein inclusions. Neurobiol Dis. 2009;35:385-98 pubmed publisher
  18. Savulescu A, Shorer H, Kleifeld O, Cohen I, Gruber R, Glickman M, et al. Nuclear import of an intact preassembled proteasome particle. Mol Biol Cell. 2011;22:880-91 pubmed publisher
  19. Enenkel C, Lehmann A, Kloetzel P. Subcellular distribution of proteasomes implicates a major location of protein degradation in the nuclear envelope-ER network in yeast. EMBO J. 1998;17:6144-54 pubmed
  20. Moreno-Mateos M, Espina A, Torres B, Gámez del Estal M, Romero-Franco A, Rios R, et al. PTTG1/securin modulates microtubule nucleation and cell migration. Mol Biol Cell. 2011;22:4302-11 pubmed publisher
  21. Lopez V, Kelleher S. Zinc transporter-2 (ZnT2) variants are localized to distinct subcellular compartments and functionally transport zinc. Biochem J. 2009;422:43-52 pubmed publisher
  22. Granell S, Baldini G, Mohammad S, Nicolin V, Narducci P, Storrie B, et al. Sequestration of mutated alpha1-antitrypsin into inclusion bodies is a cell-protective mechanism to maintain endoplasmic reticulum function. Mol Biol Cell. 2008;19:572-86 pubmed
  23. Lipp J, Hirota T, Poser I, Peters J. Aurora B controls the association of condensin I but not condensin II with mitotic chromosomes. J Cell Sci. 2007;120:1245-55 pubmed
ISSN : 2329-5139