Экстракция и очистка ДНК
Anandika Dhaliwal (anandika dot dhaliwal at gmail dot com)
Rutgers University, New Jersey, United States
Перевод
Aleksei Stepanenko (a dot a dot stepanenko at gmail dot com)
Laboratory of Biosynthesis of Nucleic Acids, Department of Functional Genomics, 150 Zabolotnogo Street, Kyiv 03680, Ukraine
DOI
//dx.doi.org/10.13070/mm.ru.3.191
Дата
последнего обновления : 2016-10-10; оригинальная версия : 2013-05-26
Цитировать как
MATER METHODS ru 2013;3:191
Абстракт

Обзор наборов (китов) для выделения и очистки ДНК, цитируемых в литературе .

English Abstract

A comprehensive review about DNA extraction and purification kits cited in literature.

Введение
Основные положения

Выделение ДНК требуется для различных целей в молекулярной биологии. Доступны многие коммерческие наборы. Было показано, что чувствительность обнаружения ПЦР различается для разных наборов ДНК [1].

Экстракция и очистка ДНК  Рисунок 1
Рисунок 1. основные шаги во всех методах экстракции ДНК.

Выбор правильного набора может сэкономить время, потраченное на оптимизацию и выполнение эксперимента. Факторы, которые необходимо рассмотреть для выбора набора, включают

  1. Происхождение образца: Различные наборы используются для различных источников ДНК, в том числе ткани человека, кровь, волосы, ткани грызуна, листья, бактерии, дрожжи, грибы, насекомые, жидкости организма, споры, почва, клинические образцы (например, образцы биопсии, аспираты тонкой иглой), судебно-медицинские образцы (например, сухие пятна крови, щечные мазки), а также отпечатки пальцев .
  2. Метод приготовления: Примеры препаратов: свежий или предварительно замороженный клеточный осадок, фиксированные формалином и помещенные в парафин секции ткани, секции замороженных тканей, фиксированные этанолом клетки и Oragene®-консервированные образцы.
  3. Целевое назначение: Качество и чистота ДНК, которую дает набор реагентов, должны быть пригодными для последующего использования, например, секвенирования, ПЦР, кПЦР, Саузерн блоттинга, RAPD, AFLP и RFLP, эндонуклеазной рестрикции, подготовки библиотек ДНК.
  4. Содержание гумуса: Если образец содержит гумус (компост, осадок, навоз), следует использовать набор/метод, который удаляет гуминовые вещества, так как они могут мешать последующему использованию ДНК, например, в ПЦР
  5. Количество образца: Набор, который будет использоваться, зависит от количества культивируемых клеток млекопитающих (105-107), бактериальных клеток (106-1011), ткани (мг), количества крови (100 мкл - 1 мл), почвы (250 мг - 10 г), растительной ткани (мг) и т.д.
  6. Выход.
  7. Автоматизация.
  8. Простота: Функционирование набора зависит от опыта персонала.
Источник образца
CCMT BlBaFuAlYePlIn
микробы
Bacterial Genomic DNA Mini-prep Kit (BayGene)*
QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen)*
QIASymphony Virus/Bacteria Kits (Qiagen)*
ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research)**
Plasmid Maxi Kit (Qiagen)*
BACMAX DNA purification kit (Epicentre Biotechnologies)*
PowerMax Soil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)***
PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories)***
клетки и ткани животных
AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer)***
Arcturus DNA Extraction Kit (Arcturus)**
GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (GE Healthcare)**
DNA Isolation Kit for mammalian blood (Roche)*
InnuPrep DNA minikit (AJ Innuscreen)**
QIAamp DNA mini kit (Qiagen)***
AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen)**
Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter)**
растения
NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II, Clontech*
DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen)**
Nucleon PhytoPure Genomic DNA Extraction Kits (GE Healthcare)**
клетки животных и микробы
DNA Isolation Kit for cells and tissues (Roche)****
Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen)****
DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen)******
Genomic DNA from Tissue kit (Macherey Nagel)*****
GeneJET Genomic DNA Purification Kit*****
FastDNA SPIN Kit ( MP Biomedicals)*******
клетки животных, микробы и растения
ArchivePure DNA purification kit (5Prime)******
DNA Isolation Kits (BioBasic)*******
FastDNA Kit (MP Biomedicals LLC)*********
DNAzol® Reagent (Invitrogen)********
Easy-DNA® Kit (Invitrogen)******
Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega)*******
цельная кровь
DNA Isolation Kit for mammalian blood (Roche)*
InnuPREP Blood DNA Mini Kit (AJ Innuscreen)*
ПЦР продукты
Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega)
QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen)
MinElute PCR Purification Kit (Qiagen)
GenElute™ PCR Clean-Up (Sigma-Aldrich)
PureLink® PCR Purification Kit (Life Technologies)
GeneJet PCR Purification Kit (Thermo Scientific)
Экстракция из геля
MinElute Gel Extraction Kit (Qiagen)
ZymocleanTM Gel DNA Recovery Kit (Zymo Research)
Other Kits
NEBNext DNA Sample Prep Reagent Set 1 (New England Biolabs)
GS FLX Titanium  Rapid Library Preparation Kit (Roche)
Таблица 1. Наборы для экстракции и очистки ДНК. CC: Культивируемые клетки; MT: Ткани животных; Bl: Кровь; Ba: Бактерия; Fu:Грибы; Al: Водоросли; Ye: Дрожжи; Pl: Растение; In: Насекомое

Основные критерии, которым должен удовлетворять метод выделения ДНК из любого типа образца, включают: (1) эффективное извлечение, (2) достаточное количество ДНК, выделенное для последующих процессов, (3) удаление загрязняющих веществ, (4) качество и чистота ДНК. Ультрафиолетовое поглощение может быть использовано для оценки чистоты экстрагированной ДНК. Для получения чистого образца ДНК отношение оптической плотности при длине волны 260 нм и поглощение при 280 нм (А260 / А280) составляет 1,8. Отношение <1.8 указывает, что образец загрязнен белком или органическим растворителем, таким как фенол. На рисунке 1 перечислены основные этапы всех методов экстракции ДНК.

Общие методы экстракции ДНК

Различные методы экстракции приводят к различным выходам и чистоте ДНК. Некоторые из методов экстракции были систематически оценены для конкретных образцов, таких как образцы почвы и донных отложений [2], человеческий микробиом [3] и фекальные образцы [4-6].

Органическая экстракция

В традиционном, широко используемом методе клетки лизируют, и клеточный дебрис обычно удаляют центрифугированием. Затем белки денатурируют/переваривают с помощью протеаз и осаждают с помощью органических растворителей, таких как фенол или 1:1 смесью фенола и хлороформа, и полученный осадок белка удаляют центрифугированием. Очищенную ДНК, как правило, извлекают путем осаждения с использованием этанола или изопропанола. В присутствии одновалентных катионов, таких как Na+ и при температуре -20°C, абсолютный этанол эффективно осаждает полимерные нуклеиновые кислоты, но не влияет на короткие цепи и мономерные компоненты нуклеиновых кислот, в том числе рибонуклеотиды от обработки РНКазы в растворе. Этот метод требует использование опасных органических растворителей, относительно много времени, тогда как остаточный фенол или хлороформ могут влиять на последующее использование нуклеиновой кислоты, например, в ПЦР. Easy-DNA® Kit (Invitrogen) является примером.

Технологии на основе диоксида кремния

Это широко используемый метод в современных наборах. ДНК адсорбируется специфично на кремнеевых мембранах/шариках/частицах в присутствии определенных солей и при определенном значении рН. Клеточные примеси удаляются путем промывания. ДНК элюируется в буфере с низким содержанием соли (буфер для элюции). Включение хаотропных солей помогает в денатурации белка и экстракции ДНК. Этот метод может быть выполнен на спиновых колонках и микрочипах, является экономически эффективным, проще и быстрее, чем органическая экстракция, и подходит для автоматизации. Комплекты на основе этого метода включают Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen) и DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen).

Магнитное разделение

Этот метод основан на обратимом связывании ДНК с магнитной поверхностью твердого тела/шарика/частицы, которые покрыты связывающими ДНК антителами или функциональными группами, которые специфически взаимодействует с ДНК. После связывания ДНК шарики отделяются от других загрязняющих клеточных компонентов, промываются и, наконец, очищенную ДНК экстрагируют этанолом. Этот метод является быстрым и может быть автоматизирован. Тем не менее, он более дорогостоящий, чем другие методы. Примерами являются Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter) и Magnetic Beads Genomic DNA Extraction Kit (Geneaid).

Технология анионного обмена

Этот метод основан на специфическом взаимодействии между отрицательно заряженными фосфатами нуклеиновой кислоты и положительно заряженных молекулами на поверхности подложки. ДНК специфически связывается с субстратом в присутствии низкого содержания соли, примеси удаляют с помощью промывок с использованием слабого или среднего солевого буфера, и очищенную ДНК элюируют с использованием сильной буферной соли. Эта технология чаще всего используется в наборах для выделения плазмид, таких как PureLink® HiPure Plasmid DNA Purification Kits (Invitrogen), Qiagen plasmid mini/midi kits and Genomic-tip, и NucleoBond® PC kits (Macherey Nagel).

Другие

Другие методы включают высаливание, градиенты плотности хлорида цезия и Chelex 100 смолы. Методы выделения ДНК часто изменяют и оптимизируют для различных типов клеток. Цетилтриметиламмония бромид (СТАВ) и тиоцианаты гуанидиума (GITC) часто включают в протоколы для экстракции ДНК из растительных материалов (обсуждается более подробно в разделе "экстракция ДНК из растительной ткани и клеток").

Коммерческие наборы

В таблице 1 перечислены наборы, широко используемые для экстракции и очистки ДНК, на основе источника материалов.

Выделение ДНК из бактерий:

Бактериальные клетки выращивают в жидких средах, пока они не достигают максимальной плотности 2-3x109 клеток/мл, а затем собирают. Собранные клетки лизируют, часто это делается с использованием химических реагентов, таких как лизоцим, ЭДТА, лизоцим и ЭДТА, детергентов и т.д. с последующим удалением клеточных компонентов с использованием органического способа экстракции или технологии на основе диоксида кремния и т.д. Последний этап включает в себя осаждение ДНК, чтобы получить чистую концентрированную ДНК. Для дрожжей и микробов выполняется подобная процедура.

Доступные наборы включают модификации в буфере для лизиса, методе разделения ДНК, используемой мембране, промывочном буфере и извлечении ДНК, как описано ниже и в таблице 2.

  1. Bacterial Genomic DNA Mini-prep Kit (BayGene/Sigma-Aldrich): Этот комплект применим как для грамотрицательных бактерий, так и положительных, и извлеченная ДНК пригодна для эндонуклеазной рестрикции, ПЦР и Саузерн-блоттинга. Он использует систему на основе диоксида кремния с форматом MicroSpin и может выделять ДНК до 50 кб в длину. Данный набор лизирует клетки ферментативно в растворе, содержащем хаотропные соли, и ДНК специфически адсорбируется на мембране из диоксида кремния, другие компоненты в лизате затем промывают, и загрязнения удаляются. ДНК элюируют в подходящем буфере.
  2. BACMAX DNA purification kit (Epicentre Biotechnologies/Cambio): Он идеально подходит для выделения ДНК из однокопийных БАК клонов или индуцированных CopyControl® BAC-клонов, для секвенирования, дактилоскопии, ПЦР и приготовления библиотек. Он основан на модифицированной методике щелочного лизиса и использует EPICENTRE's® RiboShredder® RNase Blend вместе с различными этапами селективного осаждения для удаления загрязняющих веществ.
  3. QIASymphony Virus/Bacteria Kits (Qiagen): Эти наборы используют в комбинации с QIASymphony SP, и могут очищать ДНК из ДНК и РНК вирусов, а также из грамотрицательных и положительных бактерий. Они обеспечивают автоматическую и одновременную очистку вирусных нуклеиновых кислот из сыворотки, плазмы или спинно-мозговой жидкости, или вирусных нуклеиновых кислот и бактериальной ДНК из различных образцов, включая тампоны, аспираты, мокроту, бронхоальвеолярного лаважа, а также мочи и урогенитальных мазков. Эти наборы основаны на технологии магнитных частиц и выдают нуклеиновые кислоты, которые можно использовать непосредственно в последующих процессах, включая амплификацию и ферментативные реакции.
    Этот набор особенно применим для анализа фекальной микробиоты и, как было показано, дает высокий выход ДНК хорошего качества из образцов фекалий человека по сравнению с другими широко используемыми наборами [4]. ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research): ДНК до 25 мкг/преп может быть эффективно извлечена из ≤ 150 мг образца кала млекопитающих с использованием этого набора. Образцы эффективно лизируются шариками BashingBeads™ сверхвысокой плотности. Fast-Spin колонки затем используются для выделения ДНК, которую фильтруют для удаления гуминовых кислот/полифенолов, которые могут ингибировать ПЦР. Элюированная ДНК готова к использованию для последующих молекулярных процессов, включая ПЦР, генотипирование и обнаружение метилирования.
    Этот комплект демонстрирует более высокое качество и выход ДНК из образцов фекалий человека по сравнению с другими широко используемыми наборами, но похож на QIASymphony Virus/Bacteria Kits [4].
  4. PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories Inc): Этот набор может быть использован для выделения микробной геномной ДНК из всех типов почв и проб окружающей среды, а также фекалий, биосолидных образцов. В данном наборе используется запатентованная процедура удаления перегнойного/коричневого цвета, которая устраняет ингибиторы ПЦР даже из самых сложных типов почв, а также дает высококачественную ДНК, которая может быть использована для последующих процедур, таких как ПЦР, кПЦР и секвенирования следующего поколения. Этот набор использовали для выделения ДНК для оценки состава микрофлоры кишечника человека [5].
  5. PowerMax Soil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories Inc): Этот набор выделяет ДНК из большого количества любой почвы или образцов окружающей среды с высокой или низкой микробной нагрузкой, включая грамположительные и отрицательные бактерии, грибы, водоросли и актиномицеты, а также из образцов с гуминовым содержание, включая компост, осадок и навоз. Он основан на PowerSoil® DNA Isolation Kit и также использует новую, запатентованную технологию удаления ПЦР ингибирующих соединений, в том числе гуминовых веществ.
  6. UltraClean Microbial DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories Inc): Этот набор осуществляет изоляцию геномной ДНК высокого качества до 50 кб из 1.8 мл микробной культуры многих типов микроорганизмов, включая дрожжи, грибы, грамотрицательные и положительные бактерии, споры бактерий и грибков. Основной этого набора является лизис микроорганизмов путем сочетания тепла, детергентов и механической силы. Освобожденная ДНК затем связывается с фильтром из диоксида кремния, промывается и ДНК собирают в сертифицированном Трис-буфере. Этот набор широко используется для анализа фекального микробиома [6].
  7. QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen): Этот набор обеспечивает быстрый, простой и экономически эффективный метод для выделения плазмид для рутинных лабораторных применений в молекулярной биологии. Он основан на технологии связывания с силикатной мембраной. Методика основана на щелочном лизисе бактериальных клеток с последующей адсорбцией ДНК на мембране их диоксиде кремния в присутствии высокой концентрации соли. Очищенная плазмидная ДНК готова к использованию. Не требуется экстракция фенолом и осаждение этанолом, и плазмидная ДНК высокого качества элюируется в небольшом объеме Трис-буфера или воды.
  8. Plasmid Maxi Kit (Qiagen): Этот набор может быть использован для получения сверхчистой суперспирализованной плазмидной ДНК с высоким выходом. Он основан на модифицированном методе щелочного лизиса с последующим связыванием плазмидной ДНК с запатентованной QIAGEN смолой при подходящих значениях pH в низком солевом растворе. РНК, белки, красители и примеси с низкой молекулярной массой удаляются с помощью промывки средним солевым раствором. Наконец, плазмидная ДНК элюируется высококонцентрированным солевым буфером, а затем концентрируется и обессоливается осаждением изопропанолом. Схожие продукты: QIAGEN Plasmid Midi Kit [7] и QIAGEN Plasmid Mini Kit [8].
Kit Источник ВыходПрименение и преимуществоСсылки
Bacterial Genomic DNA Mini-prep Kit (BayGene)КультураВыход варьирует 15 мкг - 20 мкг ДНК из 0.8 - 1.5 мл ночной среды в зависимости от источника и OD600 на мл.На выходе ДНК, пригодная для эндонуклеазной рестрикции, ПЦР и Саузерн-блоттинга. Очищенная ДНК имеет A260/A280 соотношение между 1.6 и 1.9. Включает лизозимовый diluent & RNase A раствор [9]
BACMAX DNA purification kit (Epicentre Biotechnologies)BAC культураДает 0.6 - 25 мкг BAC DNA из 1.5 - 100 мл однокопийной BAC культуры.Очищенная ДНК подходит для секвенирования, дактилоскопии, ПЦР и приготовления библиотек. Исключается использование колонок или связующих смол, что снижает выход и приводит к дроблению ДНК. Нет токсичных органических растворителей. [10]
QIAsymphony Virus/Bacteria kitsРазличные материалы: сыворотка, плазма, спинно-мозговая жидкость, мазки, смывы, мокрота, фекалииДо 96 образцов, в партиях по 24, обрабатываются одновременноПолностью автоматизирован и применяется для одновременной очистки вирусной и бактериальной ДНК. Обеспечивает высокое качество ДНК для последующих применений. [4]
ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research)Фекалии млекопитающих (люди, птицы, крысы, мыши, крупный рогатый скот)До 25 мкг тотальной ДНК элюируют в ≥25 мкл элюирующего буфера на образец (≤ 150 мг) )Выделенная ДНК не содержит ингибиторов ПЦР и подходит для ПЦР, генотипирования, обнаружения метилирования и т.д. Исключает использование органических денатурантов (протеиназ). [4]
PowerMax Soil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)Почва или проба окружающей среды с высокой или низкой микробной нагрузкойОчищает ДНК из 10 г почвы в течение 30 минут.Дает высокоочищенную ДНК, свободную от ингибиторов ПЦР, которая может быть использована для проведения ПЦР и кПЦР. Высокая чувствительность обнаружения на образцах с низкой микробной нагрузкой. Дает высокоочищенную ДНК, свободную от ингибиторов ПЦР. [2, 11]
PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories)Почва, образцы из окружающей среды, фекалии, твердые образцы биологического происхожденияОчищает ДНК из 250 мг почвы в течение 30 минутОчищенная ДНК подходит для ПЦР, кПЦР и секвенирования следующего поколения. Удаляет ПЦР ингибиторы. ДНК высокого качества [12-14]
UltraClean Microbial DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)Дрожжи, грибы, грамотрицательные и грамположительные бактерии, споры бактерий и грибовДает ДНК высокого качества до 50 кб. Очищает ДНК из микробных культур в течение 20 минут.Очищенная ДНК подходит для ПЦР, рестрикции. Не используются опасные органические растворители или ферменты. [11]
QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen)Культура1.5 мл ночной культуры может дать от 5 до 15 мкг плазмидной ДНК. Обрабатывает 1-24 образца одновременно за менее, чем 30 минут.Дает высоко очищенную плазмидную ДНК. Выделение низко копийных плазмид или космид из 1-10 мл ночной культуры E. coli, выращенной в среде LB. Очистка очень больших плазмид (>50 kb). [15, 16]
Plasmid Maxi Kit (Qiagen)КультураДает до 500 мкг высоко качественной плазмидной ДНК до 150 kb.Дает высоко чистую, супервпирализованную ДНК с высоким выходом. ДНК подходит для трансфекции, in vitro транскрипции и энзиматических реакций. [8, 17-19]
Таблица 2. Обзор наборов для ДНК экстракции и очистки из микробов.
Экстракция ДНК из клеток и тканей животных

Основные этапы в экстракции ДНК из клеток и тканей животных такие же, ка и для микроорганизмов. Тем не менее, наборы должны включать модификации, чтобы учитывать особенности клеток животных. Культивирование и приготовление клеток животных часто очень отличается от микробных клеток. Большинство клеток животных не имеют клеточной стенки, как микробные клетки, и, следовательно, их легче лизировать, и они могут быть лизированы с использованием только детергентов. Тем не менее, ткани животных должна быть сначала механически гомогенизированы или обработаны ферментами для лизиса. Лизис клеток сопровождается выделением ДНК. Многие наборы не используют обычный органический метод экстракции, требующий фенол/экстракцию хлороформом и осаждение этанолом. Это хорошо, поскольку сводит к минимуму повреждение ДНК органическими растворителями. Например, AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer) и GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (GE Healthcare) используют колонки со стеклянными волокнами для извлечения ДНК. QIAamp DNA mini kit (Qiagen) использует колонки с кремнеевой мембраной, которые способны специфически удерживать ДНК при определенных рН и солевых условиях. Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter) использует магнитное разделение.

Комплекты для экстракции и очистки ДНК из клеток и тканей млекопитающих обсуждаются ниже. Обзор этих комплектов включен в таблицу 3.

  1. AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer): Этот комплект может быть использован для извлечения в среднем 6 мкг ДНК из 200 мкл цельной крови человека и до 20 мкг из 5x106лимфоцитов, 25-50 мг ткани млекопитающих, или 104-10 8 культивируемых клеток. Этот комплект подходит для цельной крови, обработанной цитратом или ЭДТА. Он не требует фенол/экстракцию хлороформом, осаждение этанолом и т.д. Ткань сначала гомогенизируют, используя ступку и пестик. Этот набор использует стеклянные волокна внутри колонки, которые способны специфически связываться с ДНК в присутствии хаотропной соли. После промывания загрязнений, ДНК элюируют низким солевым раствором.
  2. Arcturus® PicoPure® DNA Extraction Kit (Arcturus® PicoPure® DNA Extraction Kit, LifeTechnologies-Invitrogen): Эти наборы могут быть использованы для очень небольшого количества клеток или тканей. Они используют IR -лазер с поддержкой техники лазерного захвата микродиссекции (LCM), которая идеально подходит для микродиссекции одиночных клеток или небольшого числа клеток.
    ДНК может быть извлечена и амплифицирована в той же пробирке, что сводит к минимуму потери ДНК и максимизирует количество выделенной ДНК. Они также не требуют органических растворителей и спиновых колонок. В то время, как образец может быть подготовлен с использованием различных методов, наилучшие результаты могут быть получены из фиксированных формалином, залитых парафином (FFPE) срезов тканей, замороженных срезов, этанол-фиксированных клеток, цитологических мазков и свежих или ранее замороженных осадков клеток.
  3. GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (Amersham Bioscience, GE Healthcare): Этот набор может быть использован для очистки ДНК из цельной крови, лейкоцитарной пленки, костного мозга, ядерных эритроцитов крови, культивируемых клеток, лимфоцитов и буккальных клеток. Он подходит для применений, требующих до 15 мкг геномной ДНК, и использует колонки, упакованные матрицей из стекловолокна. Комплект позволяет провести три метода очистки: 1) прямой способ обработки до 100 мкл крови, 2) масштабируемый способ обработки до 1 мл цельной крови или костного мозга и до 50 мкл лейкоцитарной пленки, и 3) культивируемые клетки, до 5x10 6 культивируемых клеток или до 1x10 7лимфоцитов.
  4. InnuPrep DNA minikit (Analytik Jena): Этот набор изолирует геномную ДНК из проб ткани (до 50 мг), хвостов грызунов (0,5-1 см), погруженных в парафин образцов тканей и эукариотических клеток (5x106 клеток). Комплект основан на запатентованной технологии Dual Chemistry (DC), которая сочетает в себе буфер для лизиса с новым связывающим буфером, чтобы помочь свести к минимуму время, необходимое для очистки ДНК, наряду с центрифужными колонками. После начальной стадии лизиса с использованием буфера для лизиса извлечение занимает менее 8 минут. Родственные продукты: InnuPREP DNA Micro Kit, InnuPREP DNA/RNA Mini Kit.
  5. QIAamp DNA mini kit (Qiagen): Этот набор экстрагирует геномную, митохондриальную, бактериальную или вирусную ДНК из тканей человека, тампонов (трансбуккального, глаз, носа, глотки и другие), спинно-мозговой жидкости, крови и клеток из мочи. Ткань лизируют ферментативно. Этот набор особенно полезен для бактериального анализа структуры человеческого микробиома. Использование QIAamp ДНК мининабора вместе с использованием шариков и/или мутанолизина для лизиса клеток дает лучшее представление о микробном разнообразии в образце по сравнению с другими методами (e.g. DNeasy Tissue kit, QIAamp stool kit) [3]. Родственные продукты: QIAamp DNA micro kit [10], QIAamp DNA blood mini kit [20-23], QIAamp DNA stool mini kit [16, 24-28], QIAmp DNA Blood Midi kit [29, 30], QIAamp 96 DNA Blood Kit [31, 32] и Blood Maxi Kit [33, 34].
  6. Gentra Puregene Blood Kit (Qiagen): Этот набор может изолировать геномную ДНК из цельной крови, костного мозга, лейкоцитной пленки, крови и жидкостей организма. Клетки лизируют анионным детергентом в присутствии стабилизатора ДНК. Стабилизатор ДНК подавляет активность внутриклеточных ДНКаз и ДНКаз из окружающей среды. РНК деградируют с помощью ферментов. Другие примеси, такие как белки, удаляются путем осаждения солью. В конце концов, геномную ДНК выделяют осаждением этанолом и растворяют в ТЕ-буфере (1 mM EDTA, 10 mM Tris-HCI pH 7.5). Родственные продукты: Gentra Puregene Tissue Kit [35-38] и Gentra Puregene Cell Kit [23, 39-41].
  7. AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen): Он может быть использован для 107 клеток или 30 мг ткани. Этот набор позволяет одновременно очистить как геномную ДНК, так и тотальную РНК из одной клетки или образца ткани с использованием новой AllPrep DNA spin колонки и колонки RNeasy Mini Spin, соответственно.
  8. Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter): Это набор реагентов для выделения ДНК из свежих или замороженных образцов тканей млекопитающих. Он использует запатентованные Agencourt SPRI® парамагнитные шарики, чтобы изолировать геномную ДНК. Эта процедура выполняется в формате 96-луночного планшета и подходит для автоматизации.
НаборИсточник Выход Применение и преимуществаСсылки
AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer)Цельная кровь, лимфоциты, ткани млекопитающих и культивируемые клетки.6 мкг общей геномной ДНК из 200 мкл цельной крови человека и до 20 мкг из 5x106 лимфоцитов, 25-50 мг животной ткани или 104-108 культивируемых клеток.Извлечение общей геномной ДНК. Высокая чистота нуклеиновых кислот и высокий выход. [42]
Arcturus® PicoPure® DNA Extraction Kit (Invitrogen)Ткань млекопитающих и культивируемые клеткиОбеспечивает надежный и воспроизводимый выход ДНК при использовании всего 10 клеток, полученных с помощью лазерного захвата микродиссекции (LCM), а также может быть использован для более крупных образцов до нескольких миллиграмм ткани или осадка клетокДает ДНК, подходящую для количественного ПЦР. Подходит для большинства тканей и клеточных препаратов. Эффективная экстракция. [43]
GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (GE Healthcare)Цельная кровь, костный мозг, ядросодержащие эритроциты, культивируемые клетки, лимфоциты и буккальные клетки.Дает от 2 до 4 мкг ДНК из 100 мкл цельной крови человека и от 10 до 15 мкг из 5 мкл зародышевой крови, от 4,5 до 7,5 мкг ДНК из 300 мкл цельной крови человека и от 8 до 14 мкг для 2 х 106 культуры клеток.Очищенная ДНК подходит для рестрикции, ПЦР и саузерн гибридизации. Время процедуры около 15-20 минут. Без фенола, хлороформа и осаждения этанолом. [44, 45]
InnuPrep DNA minikit (AJ Innuscreen)Образцы тканей, хвосты грызунов, образцы ткани, заплавленные в парафин, и клетки эукариотСвязывающая способность колонки: >100 мкг геномной ДНК и может давать до 65 мкг.ДНК подходит для ПЦР. Сертифицирована для использования в  in-vitro-диагностике (CE-IVD) [46]
QIAamp DNA mini kit (Qiagen)Ткани человека, тампоны (трансбуккальные, глаза, носоглотка и другие), цереброспинальная жидкость, кровь, жидкости тела и клетки из мочи.Дает ДНК размером до 50 kb. Выход ДНК 4-12 мкг из 200 мкл крови, 25-50 мкг из 200 мкл лейкоцитарной пленки и 15-20 мкг из 106 клеток.ДНК подходит для ПЦР, кПЦР, саузерн блоттинга, анализа однонуклеотидного полиморфизма, STR генотипирования. ДНК может быть очищена из 25 мг ткани или из 200 мкл жидкости в течение 20 минут. QIAamp DNA Mini Kit может быть автоматизирован на QIAcube [47-54]
AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen)Клетки и тканиОчищенная геномную ДНК имеет среднюю длину 15-30 кб в зависимости от условий гомогенизации. РНК имеет высокое качество и значение RIN 10, указывающее, что РНК интактная.Одновременная очистка геномной ДНК и тотальной РНК. Очищенная геномная ДНК подходит для дот-, саузерн- и слот-блоттинга; ПЦР и мультиплексного ПЦР. Очищенная тотальная РНК подходит для дифференциального дисплея; синтеза кДНК; нозерн-, дот- и слот-блот анализа, микрочипов. [55, 56]
Gentra Puregene Blood Kit (Qiagen)Цельная кровь, костный мозг, жидкости тела.Выход зависит от типа образца, размера генома организма-источника и количества клеток в образце. Выход также зависит от качества исходного материала. Например, выход составляет 16-50 мкг из 1 мл цельной крови и 2-50 мкг из 1 мл жидкости.Дает высокого качества геномную ДНК (A260/A280 соотношение больше 1.7) для архивирования и для немедленного использования во всех последующих аппликациях. Дает очищенную ДНК больше, чем 50 кб в размере, как правило, в диапазоне 100-200 кб. [57, 58]
Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter)Ткань животныхВыход зависит от типа образца. Может дать около 18, 25 и 35 мкг ДНК из 25 мг крысиной печени, мозга и мышиного хвоста (обзор продукта, beckmancoulter.com)ПЦР, кПЦР, AFLP, RFLP, RAPD, микросателлитный анализ, SNP анализ (для генотипирования, фингерпринтинга и т.д.), секвенирования . Нет органической экстракции, центрифугирования/фильтрования. Три 96-луночных планшета могут быть обработаны за 75 минут с соответствующим оборудованием. [59]
Таблица 3. Обзор наборов для экстракции и очистки ДНК из животных тканей и клеток.
ДНК экстракция из тканей и клеток растений

Основные шаги, используемые для выделения ДНК, как уже упоминалось выше, должны быть модифицированы, чтобы принять во внимание различные характеристики растительной ткани и клетки. Химические вещества или ферменты, используемые для лизиса микробных клеток, не могут быть столь же эффективными для клеток растений, например, лизоцим часто включают в комплекты для лизиса бактериальных клеток, но он не оказывает никакого влияния на клетки растений. Кроме того, биохимическое содержание в клетках растений сильно отличается от микроорганизмов и клеток животных. Многие виды растений имеют высокое содержание полисахаридов и полифенолов, которые не удаляются путем экстракции фенола (в отличие от микроорганизмов). Методы, отличные от тех, которые используются для микроорганизмов, должны быть включены в наборы для решения особенностей растительных клеток.

Один из способов заключается в использовании детергента под названием цетилтриметиламмонийбромид (СТАВ), который образует нерастворимый комплекс с нуклеиновой кислотой и селективно преципитирует ДНК, оставляя за собой углеводы, белки и другие загрязняющие компоненты. ДНК-содержащий осадок может быть выделен путем растворения его в 1N NaCl. СТАВ может быть включен в любую стадию процесса экстракции. Чтобы удалить полифенолы, могут быть использованы более высокие концентрации СТАВ с поливинилпирролидоном (PVP) или поливинилполипирролидоном (PVPP).

Другой способ заключается в использовании тиоцианата гуанидиума (GITC), который помогает очищать ДНК из растительных материалов в двух направлениях. Во-первых, он денатурирует и растворяет белки, дисагрегируя клеточные структуры, и диссоциирует нуклеопротеиды из нуклеиновой кислоты. Благодаря этому свойству, GITC может быть использован для высвобождения ДНК из почти любого типа ткани. Во-вторых, ДНК прочно связывается с частицами диоксида кремния в присутствии GITC. Это свойство может быть использовано для разделения ДНК от денатурированных белков и других биохимических веществ или клеточных компонентов. Обычно частицы диоксида кремния упакованы в хроматографические колонки и к ним применяется экстракт ДНК, обработанный GITC. ДНК селективно связывается с колонкой и может быть элюирована в последней стадии после вымывания клеточных загрязняющих веществ.

В некоторых способах экстракции ДНК аскорбиновая кислота, диэтилдитиокарбминовая кислота и 2-меркаптоэтанол могут быть включены, чтобы защитить ДНК от окисления и деградации. РНК могут быть удалены с помощью РНКазы. Качество выделенной ДНК зависит в большей степени от физиологического состояния растительного материала, а не от протокола набора.

Комплекты для экстракции ДНК из растительного материала обсуждаются ниже. Обзор этих комплектов представлен в таблице 4. Также см. комплекты, которые могут быть широко использованы для млекопитающих, микроорганизмов и клеток растений

  1. NucleoSpin 8 Plant и NucleoSpin 96 Plant II (Clontech):. Эти наборы могут быть использованы для выделения геномной ДНК из растительных клеток и тканей, пригодной для ПЦР, Саузерн-блоттинга или любого вида ферментативной реакции. Позволяет параллельное выделение геномной ДНК в гибком 8-луночном формате и 96-луночном формате. После гомогенизации растительного материала протокол использует СТАВ-содержащий буфер для лизиса, что обеспечивает лизис растительного материала. В качестве альтернативы, SDS-содержащии буфер для лизиса также предоставляется. После удаления полисахаридов, загрязнений и остаточного клеточного дебриса на последующей стадии лизат, содержащий главным образом ДНК, наносят на мембраны из диоксида кремния для дальнейшей очистки. Наконец, ДНК элюируется буфером или дистиллированной водой. РНКаза также входит в комплект для эффективного удаления РНК из образца ДНК.
  2. DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen): Может быть использован для изоляции до 15 мкг на лунку общей клеточной ДНК из растительной ткани, в том числе клеток растений, тканей растений и грибов. DNeasy Plant Mini Kit может обрабатывать до 100 мг ткани. DNeasy Plant Maxi Kit может обрабатывать до 1 г ткани. Растительный материал гомогенизируют, а затем инкубируют в буфере для лизиса, содержащем РНКазу. После лизиса, белки и полисахариды осаждают солью. Остатки клеток и осадок удаляют с помощью колонки QIAshredder. Образец затем наносят на мембрану из диоксида кремния, находящейся в спиновых колонках, и через несколько стадий промывки ДНК элюируют буфером с низким содержанием соли или водой. Доступен в удобном формате 96-луночного планшета и обеспечивает высокую воспроизводимость выхода общей клеточной ДНК. Похожие продукты: DNeasy Plant Mini Kit [60-62].
  3. Nucleon PhytoPure Genomic DNA Extraction Kits (GE Healthcare): Этот набор может быть использован для выделения ДНК из свежих, замороженных или лиофильно высушенных образцов растений, а также может быть использован для образцов грибов. Этот набор имеет уникальный протокол, используя нуклон PhytoPureproprietary смолу, которая специфически связывается с полисахаридами. Нуклон Phytopure система экстракции ДНК имеет относительно простой протокол, который не требует фенола или бромид цетилтриметиламмония (СТАВ). Вкратце, клеточная стенка разрушается и клетки лизируют реагентом, содержащим калий СДС. СДС здесь используется из-за его способности образовывать комплексы с белками и полисахаридами. Затем добавляют хлороформ вместе со специально модифицированной смолой нуклон PhytoPureproprietary, которая ковалентно связывается с полисахаридами. В результате на последней стадии получают высоко качественную ДНК. Наряду с хлороформом эта процедура использует холодный изопропанол и 70% этанол.
Kit Источник Yield Применение и преимущество Ссылки
NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II (Clontech)Клетки и ткани растенийМожет выделить фрагменты размером от 50 bp до 30 kb в 100-200 мкл элюата.Экстрагированная ДНК может быть использована для проведения ПЦР, Саузерн-блоттинга или любого рода ферментативной обработки. Подходит для ручной и автоматизированной обработки . [63, 64]
DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen)Растительные клетки, ткани растений и грибовТипичный выход составляет 1-15 мкг на 50 мг ткани листа с объемом элюции 100-200 мкл. Выход ДНК варьирует в зависимости от размера генома, плоидности, числа клеток и возраста образца ткани.ДНК подходит для ПЦР, RAPD анализа, AFLP анализа, RFLP анализа, Саузерн блоттинга, микросателлитного анализа, SNP генотипирования и количественного ПЦР. Органическая экстракция и преципитация этанолом не требуются. Дает воспроизводимый выход и доступен в формате 96-луночного планшета. [65]
Nucleon PhytoPure Genomic DNA Extraction Kits (GE Healthcare)Образцы растений и грибовДает высокий выход.ДНК подходит для рестрикции, RAPD и AFLP. Простой и быстры протокол. Исключает использование фенола или бромида цетилтриметиламмония (СТАВ). Процедура может быть завершена в течение приблизительно 1 часа. [66]
Таблица 4. Обзор наборов для экстракции и очистки ДНК из клеток и тканей растений.
Наборы для клеток и тканей животных и микроорганизмов

Наборы, которые могут быть применены для выделения ДНК из млекопитающих, а также микроорганизмов, рассмотрены ниже. Обзор этих комплектов входит в таблицу 5.

  1. DNA Isolation Kit для клеток и тканей (Roche): Этот набор может быть использован для экстракции геномной ДНК из тканей (до 1 г), культивируемых клеток (до 107), бактериальных клеток (до 1011) и клеток дрожжей. Этот набор не использует органическую экстракцию, анионообменные колонки и хаотропные реагенты. Дает геномную ДНК размером от 50 до 150 кб, и процедура может быть завершена в течение примерно 2.5 часов.
  2. Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen): Этот набор выделяет ДНК из разных объемов крови (например, от 100 мкл до 1 мл), тканей, клеток, бактерий, щечных мазков, пятен крови, тканей FFPE и Oragene®-консервированных образцов. Он основан на технологии селикатной мембраны. Этот комплект обеспечивает повышенную гибкость, включая версию 96-луночного планшета, не требует специального оборудования и может использоваться вручную или с помощью автоматизированных платформ.
  3. DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen): Этот набор может быть использован для выделения общей ДНК (геномной, митохондриальной и патогенных микроорганизмов) из различных образцов, включая свежих или замороженных, фиксированных формалином и в парафин-заплавленных срезов тканей животных, клеток, хвостов грызунов, крови, бактерий, дрожжей, волос, насекомых и т.д. Очищенная ДНК до 50 кб с преобладанием фрагментов до 30 кб. Он эффективно извлекает фрагменты ДНК размером до 100 пар оснований. Этот набор использует технологию на основе оксида кремния, силикатные мембраны упакованы в спиновые колонки. После лизиса клеток с использованием буфера для лизиса процедура выделения ДНК может быть завершена в течение примерно 20 минут.
  4. NucleoSpin® Tissue XS kit (Macherey Nagel: Этот набор может быть использован для выделения геномной ДНК из тканей, клеток, клинических проб, криминалистических образцов. Его главное преимущество состоит в том, что этот набор обеспечивает надежное и воспроизводимое выделение ДНК при использовании всего 10 клеток, полученных с помощью лазерного захвата микродиссекции. Этот набор также использует технологию силикатных мембран. Родственные продукты: NucleoSpin® Tissue, NucleoBond® AXG, NucleoSpin® 8 Tissue Core kit, NucleoSpin® 96 Tissue Core kit.
  5. GeneJET Genomic DNA Purification Kit: Этот комплект обеспечивает быструю и эффективную очистку геномной ДНК высокого качества из различных культур и тканевых клеток млекопитающих, образцов цельной крови, бактерий и дрожжей. Комплект использует силикатную мембрану в спиновой колонке для связывания ДНК, процедура занимает менее 20 минут после лизиса клеток. Очищенная ДНК имеет размер более 30 кб, которую можно использовать непосредственно в ПЦР, Саузерн-блоттинге и ферментативных реакциях.
  6. FastDNA SPIN Kit (MP Biomedicals): Этот набор предназначен для выделения геномной ДНК из растений, животных, бактерий, дрожжей, водорослей и грибов с использованием метода спинововых колонок с силикатной мембраной. Изолирует ДНК из почти любого образца до 200 мг менее чем за 30 минут с использованием FastPrep® Инструмента, который представляет собой настольный прибор, использующий запатентованное разнонаправленное вертикально- угловое движение с одновременным соударением с лизирующими матричными частицами для гомогенизации образца. FastPrep прибор обеспечивает чрезвычайно быструю, эффективную и хорошо воспроизводимую гомогенизацию, которая превосходит традиционные методы экстракции с использованием ферментативного расщепления, ультразвуковую обработку, смешивание и т.д. После лизиса пробы центрифугируют, чтобы осадить твердые частицы и лизирующие компоненты. ДНК затем очищают от надосадочной жидкости с использованием спин фильтров на основе диоксида кремния. Очищенная ДНК пригодна для рестрикции, электрофореза, ПЦР и любого другого применения.
Kit Источник Yield Применение и преимуществаСсылки
DNA Isolation Kit for cells and tissues (Roche)Ткани, культивируемые клетки, бактериальные клетки и клетки дрожжей.Выход и качество ДНК в значительной степени зависит от качества исходного материала, количества клеток на образец и размера генома источника.Очищенная ДНК годится для ПЦР, секвенирования и саузерн блоттинга. Не требуется органической экстракции, анионообменных колонок и хаотропных реагентов. [67]
Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen)Кровь, ткани, клетки, бактерии, щечные мазки, ткани FFPE и Oragene®-консервированные образцы.5-25 мкг ДНК из 5x105 - 5x106 HEK 293 клеток.Дает высоко очищенную ДНК (A260/A280= 1.86-1.88, A260/A230= 2.18-2.31), которая годится для ПЦР, кПЦР, электрофореза, саузерн блоттинга, генотипирования и т.д. [68, 69]
DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen)Свежие или замороженные ткани животных, клетки, хвосты грызунов, кровь, бактерии, дрожжи, волосы и насекомые. Подходит для фиксированных формалином и залитых парафином образцов.Очищенная ДНК имеет A260/A280 соотношение 1.7-1.9 и до 50 kb в размере, фрагменты 30 kb доминируют.Полученная ДНК может быть использована для ПЦР, Саузерн блоттинга, RAPD, AFLP и RFLP. Эффективно выделяет ДНК фрагменты размером 100 bp. Позволяет одновременно выделять из множества образцов. [8, 21, 35, 42, 44, 70-97]
Genomic DNA from Tissue kit (Macherey Nagel)Свежие или замороженные клетки, ткани, пятна крови на Guthrie/NucleoCard® /FTA картах, щечные мазки, судебно-медицинские образцыДлина очищенных фрагментов геномной ДНК зависит от качества материала образца и может варьировать в пределах от 500 пар оснований для лазерной микродиссекции или криминалистических образцов и до 30 кб для свежих тканей или культивируемых клеток.Очищенная ДНК годится для ПЦР в реальном времени и мультиплексной ПЦР. Высокое извлечение небольших количеств ДНК. Очень небольшие объемы элюции (5-30 мкл), что дает высокую концентрацию ДНК. [53]
GeneJET Genomic DNA Purification KitОбразцы тканей и клеток млекопитающих, цельная кровь, бактерии, дрожжиВ зависимости от источника и его количества дает 4-6 мкг ДНК из 200 мкл крови, 10-15 мкг из сердца мыши и 15-20 мкг из 2x106 HeLa клетокМожет быть использован для образцов тканей и клеток из многих источников и выделяет геномную ДНК с высокой молекулярной массой (≥ 30 кб), подходящую для проведения ПЦР, саузерн блоттинга и т.д. Поставляется со спиновыми колонками, которые идут с коллекторными эппендорфами [98]
FastDNA SPIN Kit ( MP Biomedicals)Культивируемые клетки, растения, животные, бактерии, дрожжи, водоросли и грибыВыделяет ДНК из почти любого образца до 200 мг менее чем за 30 минут.Очищенная ДНК пригодна для рестрикции, электрофореза, ПЦР и любого другого желаемого применения [5]
Таблица 5. Обзор комплектов для ДНК экстракции и очистки из животных тканей и клеток и микроорганизмов.
Наборы для клеток животных, растений и микроорганизмов

Наборы, которые могут быть применены для выделения ДНК из большинства источников, включая млекопитающих, микроорганизмы и растения, рассмотрены ниже. Обзор этих комплектов представлен в Таблице 6

  1. ArchivePure DNA purification kit (5Prime): Этот набор используется для очистки геномной, митохондриальной или вирусной ДНК из цельной крови и костного мозга, культивируемых клеток, животной и растительной ткани, грамотрицательных и положительных бактерии и дрожжей. Он имеет жидкофазную систему очистки геномной ДНК и использует нетоксичные детергенты и соли. 95% очищенной ДНК больше, чем 50kb в длину и, как правило, около 100-200 кб.
  2. FastDNA Kit (MP Biomedicals): Он извлекает геномную ДНК из тканей растений и животных, культивируемых клеток, бактерий, дрожжей, грибов, водорослей, вирусов и насекомых. Он использует оптимизированные Lysing Matrix пробирки и на основе кремния Geneclean & рег; процедуру ДНК очистки
  3. DNAzol® Reagent (Invitrogen): Этот реагент может быть использован для выделения геномной ДНК из твердых и жидких образцов животного, растительного, бактериального происхождения и дрожжей. Он предназначен для тканей, клеток или крови. Это полный и готовый к использованию реагент.
  4. Easy-DNA® Kit (Invitrogen): Этот набор может быть использован для изоляции геномной ДНК высокой молекулярной массой из многих типов клеток и тканей, включая ткани млекопитающих, кровь, волосяные фолликулы, хвосты мышей, листья растений, дрожжей и клетки E.coli. Он основан на модификации метода органической экстракции. Использует хлороформ для удаления загрязняющих веществ и этанол для осаждения и восстановления выделенной ДНК
  5. Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega): Он может быть использован для выделения ДНК из цельной крови, белых клеток крови, клеточных культур, ткани животных, ткани растений, дрожжей и грамположительных и отрицательных бактерий. Если коротко, то сначала клетки лизируют, клеточные белки удаляются путем высаливания, РНК удаляется с помощью РНКазы, а ДНК осаждают с помощью изопропанола.
  6. DNA Isolation Kits (BioBasic): включает Animal tissue & fungi genomic DNA extraction prep kit, Bacteria genomic DNA prep kit, Blood genomic DNA prep kit, Plant genomic DNA prep kit, Yeast genomic DNA extraction prep Kit. BioBasic kits могут быть использованы для выделения ДНК из крови, ткани растений, клеток и ткани млекопитающих, бактерий и грибков [99].
Kit ИсточникYield Применение и преимуществоСсылки
ArchivePure DNA purification kit (5Prime)Цельная кровь, костный мозг, культивируемые клетки, ткани животных и растений, грамотрицательные бактерии, грамположительные бактерии и дрожжи.Выход и качество ДНК в значительной степени зависит от качества исходного материала, количества клеток на образец и размера генома источника материала.Метод для выделения ДНК высокой молекулярной массы с высокой степенью чистоты. Быстрая процедура. A260/A280 соотношение для изолированной ДНК варьирует от 1.7 до 2.0 [100]
FastDNA Kit (MP Biomedicals LLC)Ткани растений и животных, культивируемые клетки, бактерии, дрожжи, грибы, водоросли, вирусы и насекомые.Выход и время обработки зависят от использования FastPrep инструментов, адаптеров и матрицы для лизиса.Выделяет ДНК, подходящую для ПЦР. [101]
DNAzol® Reagent (Invitrogen)Материал из животных, растений, дрожжей и бактерий, в том числе клеток, тканей и крови.Может выделить геномную ДНК из 50 мг ткани или 1 x 107 - 3 x 107 клеток на 1 мл DNAzol® ReagentВыделенная ДНК подходит для рестрикции, блот-анализа, молекулярного клонирования и ПЦР. Это полный и готовый к использованию набор. Надежная, эффективная и простая процедура, которая может быть завершена в течение 30-60 минут. [102-104]
Easy-DNA® Kit (Invitrogen)Клетки и ткани, включая  ткани млекопитающих, кровь, волосяные фолликулы, хвосты мышей, листья, дрожжи и  E. coli клетки.Дает ДНК высокого качества со средним размером от 100 кб до 200 кб.Очищенная ДНК годится для ПЦР, гибридизации, геномных библиотек и др. Можно получить ДНК высокого качества из больших или малых образцов клеток, тканей, растений, дрожжей, E. coli, крови и волосяных фолликул. Простая продедура может быть завершена за <90 минут. [105, 106]
Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega)Цельная кровь, лейкоциты, культуры клеток, ткани животных, ткани растений, дрожжи, грамположительные и грамотрицательные бактерии.Выход зависит от вида и количества исходного материала. Типичные выходы включают 5-15 мкг ДНК из 300 мкл цельной крови человека, 9,5 - 12,5 мкг из 2.25 x 106 NIH/3T3 клеток мыши, 15-30 мкг из 3x 106 K562 клеток человека, 10-30 мкг из 0.5-1.0 cm мышиного хвоста, 16 мкг из 5 x 106 Sf9 клеток насекомых, 7-12 мкг из 40 мг листьев томатов , 20 мкг из 1 мл E.coli и 4.5-6.5 мкг ДНК из 1 мл жрожжей S.cerevisiae.Дает ДНК, пригодную для амплификации, рестрикции, гибридизации на мембране (саузерн и дот/слот-блотов). [21, 32, 107-111]
Таблица 6. Обзор наборов для экстракции и очистки ДНК из образцов животного, микробного и растительного происхождения.
Наборы для цельной крови

Эти наборы включают в себя следующее:

  1. DNA Isolation Kit for mammalian blood (Roche): Этот набор может быть использован для экстракции геномной ДНК из 1-10 мл цельной крови (например, от человека, мыши, крысы). Он также может быть использован для выделения ДНК из лейкоцитарной пленки и лимфоцитов. Средний выход с помощью этого комплекта составляет около 350 мкг/10 мл, варьируя 200-700 мкг для здоровой человеческой крови (в среднем, 5x106 лейкоцитов/мл). Он дает ДНК, подходящую для проведения ПЦР, секвенирования и саузерн-блоттинга. Преимуществом этого набора является короткое время, требуемое для всей процедуры (менее 1.5 часов). Кроме того, отношение А260/А280 для образцов ДНК, как правило, 1.7-1.9 [67, 112].
  2. InnuPREP Blood DNA Mini Kit (AJ Innuscreen): Этот набор выделяет геномную ДНК из образцов цельной крови до 300 мкл. Он обеспечивает высокий выход до 12 мкг в зависимости от образца и его количества. Преимуществом данного комплекта является то, что он дает чрезвычайно высокого качества геномную ДНК, прост в использовании, а также сертифицирован для ин витро диагностики (CE-IVD). Похожие продукты: InnuPREP Blood DNA Master Kit, InnuPREP Blood DNA MIDI Kit, InnuPREP Blood DNA MIDI Direct Kit.
Выделение ПЦР продуктов
  1. Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega): Этот набор используется для очистки двухцепочечной ПЦР-амплифицированной ДНК. Продукты ПЦР эффективно очищают от загрязнений, в том числе димеров праймеров и праймеров для амплификации. Это обеспечивает выход более чем на 95% ПЦР продукта размером 500 п.н. в диапазоне от 50 нг до 16 мкг на 1 мл смолы. Из легкоплавкой агарозы типичные выходы фрагментов 500 п.н. составляют 70-90%. Преимуществами этого набора являются то, что процесс очистки быстрый и простой, занимает 15 минут, набор относительно дешевый [59, 113].
  2. QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen): Этот набор может очистить до 10 мкг двух- или одноцепочечные продукты ПЦР (100 п.н.-10 Кб) и ДНК из других ферментативных реакций с выходом 90-95%. Система QIAquick сочетает в себе удобство технологии спин-колонки с селективными связывающими свойствами разработанной уникальной кремниевой мембраной. ДНК адсорбируется на кремниевой мембране в присутствии высокой концентраций соли, тогда как загрязнители проходят через колонку. Примеси эффективно вымываются и чистую ДНК элюируют трис-буфером или водой. Очищенная ДНК может быть использована для выполнения рестрикции, мечения, гибридизации, ПЦР, лигирования и трансформации, радиоактивного и флуоресцентного секвенирования, ин витро транскрипции или микроинъекции. Основное преимущество этого комплекта является быстрая очистка ДНК [16, 49, 90, 101, 108, 114-129]. Related products: QIAquick Nucleotide Removal Kit and QIAquick Gel Extraction Kit [11, 48, 57, 78, 123, 130-134].
  3. MinElute PCR Purification Kit (Qiagen): Этот набор специально разработан для быстрого и легкого выделения фрагментов ДНК (70 п.н. - 4 кб) из ПЦР-реакций, агарозных гелей или ферментативных реакций с объемом элюции всего 10 мкл. Набор для очистки ПЦР MinElute содержит силикатную мембрану для связывания ДНК в высоком солевом буфере, которая элюируется буфером с низким содержанием соли или водой. В состав входят спин колонки для очистки ПЦР-продукта. Он удаляет праймеры, нуклеотиды, ферменты, минеральные масла, соли и другие примеси из образца ДНК. Процедура может быть полностью автоматизирована на QIAcube. Очищенная и высококонцентрированная ДНК, полученная с помощью этого набора, подходит для лигирование и трансформация, ин витро транскрипции, радиоактивного и флуоресцентного секвенирования, амплификации, рестрикции, микроинъекции, мечения и гибридизации.
  4. GenElute™ PCR Clean-Up (Sigma-Aldrich): Комплект предназначен для быстрой очистки продуктов ПЦР-амплификации (100 п.н. до 10 т.п.н.) от других компонентов в реакциях, включая избыток праймеров, нуклеотидов, ДНК полимеразы, масла и соли. ДНК связывается с силикатной мембраной в спиновой колонке. Связанную ДНК затем промывают и чистая, концентрированная ДНК элюируется в желаемом буфере. Каждая колонка может очистить до 100 мкл или 10 мкг ПЦР-амплифицированной ДНК и на выходе мы имеем до 95% продуктов ПЦР от 100 п.н. до 10 кб. Комплект удаляет ≥ 99% праймеров и большинство димеров праймеров (<40 п.н.). Очищенная ДНК подходит для ферментативных реакций, секвенирования, клонирования и анализа микрочипов.
  5. PureLink® PCR Purification Kit (Life Technologies): Он обеспечивает быстрое и эффективное удаление коротких праймеров, нуклеотидов, ферментов и солей из ПЦР продуктов. Этот набор основан на селективном связывании ДНК с мембраной на основе диоксида кремния в присутствии хаотропных солей, удаление примесей путем тщательной промывки промывочным буфером и элюирование очищенного ДНК в условиях низкой буферной соли для элюирования. Комплекты поставляются с двумя фирменными буферами: 1) буфера для связывания для очистки 100 п.н. - 12 кб фрагментов ПЦР, и 2) Binding Buffer High-Cutoff (HC) для удаления димеров праймеров или коротких продуктов ПЦР (<300 п.н.). Очищенный продукт ПЦР пригоден для автоматизированного флуоресцентного секвенирования, рестрикции и клонирования.
  6. GeneJet PCR Purification Kit (Thermo Scientific): Этот набор использует запатентованную мембрану на основе диоксида кремния, помещенную в удобную ротационную колонку для очистки фрагментов ДНК от 25 п.н. до 20 кб с выходом до 100%. Он эффективно удаляет праймеры, нуклеотиды, неинкорпорированные меченые нуклеотиды, ферменты и соли из ПЦР и других реакционных смесей. Каждая колонка очистки GeneJET имеет общую связывающую способность до 25 мкг ДНК, а вся процедура занимает 5 минут. Очищенную ДНК можно использовать для секвенирования, рестрикции, мечения, лигирования, клонирования, ин витро транскрипции, блоттинга или гибридизации.
Набор Источник Yield Применение и преимущества Ссылки
Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega)ПЦР продукты≥ 95% выход 50 нг - 16 мг 500 bp ПЦР продуктаПроцедура проста и занимает всего 15 минут, менее дорогой. [59, 113]
QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen)ПЦР продукты, энзиматические реакцииДает выход 90-95% до 10 мгОбеспечивает быструю очистку. Очищенная ДНК пригодна для выполнения рестрикции, мечения, гибридизации, ПЦР, лигирования и трансформации, радиоактивного и флуоресцентного секвенирования, транскрипции ин витро или микроинъекции. [16, 49, 90, 101, 108, 114-129]
MinElute PCR Purification Kit (Qiagen)ПЦР продукты, энзиматические реакции80% выход ДНК фрагментов (70 bp - 4 kb)Позволяет элюировать в очень маленькие объемы (10 µl), давая высокие выходы высоко концентрированной ДНК. Быстрая процедура, легка в обращении. Высокий и воспроизводимый выход ДНК. [135-137]
GenElute™ PCR Clean-Up (Sigma-Aldrich)ПЦР продукты.Выход до 95% ПЦР фрагментов между 100 bp и 10 kbМожет очистить до 100 мкл или 10 мкг ПЦР-амплифицированной ДНК в течение 5 минут. Очищенная ДНК годится для энзиматических реакций, секвенирования, клонирования и микроэррейного анализа. Гибкий и экономичный. [137-139]
PureLink® PCR Purification Kit (Life Technologies)ПЦР продуктыДает >80% выход от 50 до 100 мкл ПЦР продукта (50 нг - 40 мкг ДНК)Содержит два связывающих буфера для фрагментов >100 bp или >300 bp, может быть выполнен как в одной пробирке или 96-луночном формате и занимает <10 минут. Эффективно удаляет праймеры, dNTPs, соли и энзимы без преципитации этанолом. [140-142]
GeneJet PCR Purification Kit (Thermo Scientific)ПЦР продукты, энзиматические реакцииВыход до 90 - 100% ДНК от 100 bp до 10 kbБыстрая (5 минут) и эффективная очистка ДНК фрагментов, идеально подходит для секвенирования, рестрикции, мечения, легирования, клонирования, ин витро транскрипции, in situ гибридизации. Удобный, идет вместе с центрифужными колонками с крышками и пробирками для сбора элюата. [143-145]
Таблица 7. Обзор ДНК очищающих наборов для ПЦР продуктов и энзиматических реакций.
Наборы для ДНК экстракции их гелей
  1. MinElute Gel Extraction Kit (Qiagen): Он может быть использован для извлечения фрагментов ДНК (70 п.н.-4 кб) из гелей стандартной или легкоплавкой агарозы с выходом 80%. Все ферменты будут удалены независимо от размера и вторичной структуры. Этот набор сочетает в себе удобство технологии спин-колонки с селективными связывающими свойствами разработанной уникальной силикатной мембраны. ДНК адсорбируется на силикатной мембране в присутствии высоких концентраций солей, в то время как примеси проходят через колонку. Примеси эффективно смываются, а чистую ДНК элюируют трис-буфером или водой. Очищенная ДНК может быть использована для выполнения лигирования и трансформации, радиоактивного и флуоресцентного секвенирования, реакций рестрикции, мечения, гибридизации, ПЦР, in vitro транскрипции или микроинъекций. Основным преимуществом этого набора является способность давать высокие конечные концентрации очищенных фрагментов ДНК (10 мкл объем элюирования) [11, 134, 146]. Родственные продукты: MinElute Reaction Cleanup Kit и MinElute PCR Purification Kit [11, 100, 147-150].
  2. ZymocleanTM Gel DNA Recovery Kit (Zymo Research): Этот комплект предусматривает быструю очистку высококачественной ДНК из TAE/TBE-буферного агарозного геля. Он основан на Fast-Spin технологии. Для ДНК от 50 bp до 10 кб выход составляет 70-90%. Для ДНК от 11 кб до 23 кб выход составляет 50-70%. Очищенная ДНК пригодна для реакций лигирования, секвенирования, ДНК мечения, ПЦР и т.д. Основным преимуществом данного комплекта является возможность дать ≥6 мкл высоко качественной очищенной ДНК в течение 15 минут [8, 151].
Другие наборы

Доступны также комплекты 1) для подготовки образцов ДНК для секвенирования следующего поколения и экспрессионных библиотек, 2) для очистки двухцепочечной ПЦР-амплифицированной ДНК и 3) для создания библиотек фрагментов из образца ДНК. К ним относятся следующие:

  1. NEBNext DNA Sample Prep Reagent Set 1 (New England Biolabs): Он состоит из ферментов и буферов, которые используются для подготовки проб для секвенирования следующего поколения, а также для подготовки библиотек экспрессии. Реагенты проходят через дополнительные меры контроля качества и функционально проверены, чтобы обеспечить максимальный выход. Основные преимущества этого набора включают: все реагенты проходят строгий контроль качества, чтобы обеспечить максимальное качество и чистоту, и каждый набор реагентов функционально подтвержден [101, 152, 153].
  2. Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega): Этот набор используется для очистки ПЦР-амплифицированной двухцепочечной ДНК. ПЦР продукты эффективно очищают от загрязнений, в том числе димеров праймеров и праймеров для амплификации. Дает выход более чем на 95% (от 50 нг до 16 мкг) на 1 мл смолы для ПЦР продуктов размером 500 п.о. Типичный выходы 70-90% для фрагментов 500 bp можно ожидать при выделении из легкоплавкой агарозы. Преимуществами этого набора являются быстрый и простой процесс очистки (15 минут) и относительная дешевизна [58, 151].
  3. QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen): Этот набор может очищать до 10 мкг двух- или одноцепочечные продукты ПЦР (100 п.н.-10 кб) и ДНК из других ферментативных реакций с выходом и 90-95%. Система QIAquick сочетает в себе удобство технологии спин-колонки с селективным связыванием с силиконовой мембраной. ДНК адсорбируется на силиконовой мембране в присутствии высоких концентраций соли, а загрязнители проходят через колонку. Примеси эффективно смываются, и чистую ДНК элюируют трис-буфером или водой. Очищенная ДНК может быть использована для рестрикции, мечения, гибридизации, ПЦР, лигирования и трансформации, радиоактивного и флуоресцентного секвенирования, , in vitro транскрипции или микроинъекции. Основным преимуществом этого комплекта является быстрая очистка ДНК [15, 48, 89, 100, 107, 113-128]. Похожие продукты: QIAquick Nucleotide Removal Kit и QIAquick Gel Extraction Kit [11, 47, 56, 77, 122, 129-133].
  4. GS FLX Titanium Rapid Library Preparation Kit (Roche): Этот набор состоит из реагентов для создания библиотек фрагментов из образца ДНК, подлежащего секвенированию. Процедура требует 500 нг ДНК, которая должна быть двухцепочечной и иметь A <суб> 260 / А <суб> 280 соотношение около 1,8 и концентрацию, по меньшей мере, 5 нг/мкл. Библиотека будет состоять из набора фрагментов одноцепочечной ДНК, представляющих всю последовательность образца. Каждый фрагмент фланкируется подходящими для амплификации и секвенирования ДНК адаптерами. Эта технология пригодна для секвенирования геномов любого размера, и весь процесс может быть выполнен одним человеком в оборудованной лаборатории [154].
Наборы для ДНК-экстракции и очистки, цитируемые в литературе

Наборы от многих поставщиков были использованы для извлечения или очистки ДНК из различных источников среди 271 публикаций, проанализированных Labome.

Kit Количество публикацийИсточникNum
микроорганизмы25
Life Technologies3
MO BIO Laboratories6
Qiagen16
клетки и ткани животных18
Qiagen18
растения8
Clontech3
Qiagen5
клетки животных и микроорганизмы32
Life Technologies2
Qiagen30
клетки животных, микроорганизмов и растения14
Epicentre Biotechnologies2
Life Technologies6
Promega6
цельная кровь22
Illumina3
GE Healthcare5
Life Technologies3
Qiagen11
Другие наборы60
Beckman Coulter7
Life Technologies5
New England Biolabs3
Promega2
Qiagen39
Zymo Research4
Таблица 8. Данные на 1 апреля 2015.
Выделение ДНК из микроорганизмов

MO BIO Laboratories PowerMax Soil DNA Isolation Kit использовали для исследования Emiliania huxleyi вируса в осадках Черного моря [2] и обмена генами устойчивости к антибиотикам между почвенными бактериями и человеческими патогенами [11]. Использовался для изучения защиты растений почвенными бактериями от грибковых корневых патогенов [12] и влияние долгосрочной диеты на состав микробиома кишечника [14].

Qiagen QIAamp DNA stool mini kit использовали для изучения влияния кишечной микрофлоры на кишечно-вирусную инфекцию [16], регулирующего эффект PD-1 на выбор IgA и состав микрофлоры кишечника [24], защитного иммунитета, обеспечиваемого микрофлорой кожи [25], влияния взаимодействия между комменсальными грибами и Dectin-1 на колиты [26], иммунного ответа на комменсалы, вызванного острой желудочно-кишечной инфекцией [27] и защитного хозяин-бактерия мутуализма в кишечнике от иммунной системы с помощью антибактериального лектина RegIIIgamma [28]. QIAprep Spin Miniprep Kit использовали для исследования взаимодействия между вирусом вакцины P37 и LE-ассоциированными белками [15] и влияния кишечной микрофлоры на кишечно-вирусную инфекцию [16]. Plasmid Maxi Kit использовали для исследования регуляции патогенных и мутуалистических состояний Photorhabdus luminescens [8] и структуры эукариотической 60S рибосомальной субъединицы в ассоциации с eIF6 [17].

Экстракция ДНК из тканей и клеток животных

Qiagen AllPrep DNA/RNA Mini Kit использовали для изучения различий между РНК и соответствующими последовательностями ДНК в человеческом транскриптоме [55] и происхождения и эволюции вирусов ретикулоэндотелиоза [56]. Its QIAamp DNA Mini Kit использовали для исследования происхождения ДНК-транспозонов [52], защиты эндосимбионтов насекомых с помощью COLA антимикробного пептида [53], взаимодействие между APOBEC3G и мышиным вирусов лейкемии [47], метилирования локусов, связанных с раком простаты [48], мутаций EGFR и KRAS у больных с аденокарциномами легких [49], отношения между циркадными часами и риском рака [50], влияния бактериальных и генетических факторов на рак желудка в Коста-Рике [51] и соотношения между глобальным гипометилированием и хромосомной нестабильностью [54]. Its Gentra Puregene Tissue Kit использовали для изучения роли метилирования ДНК в регуляции генов [23], удаления кластера HoxC у пластинчатожаберных рыб [36], повреждения ДНК и онкогенеза, вызванного PAH метаболизмом, опосредованном клетками Лангерганса [35], слияния хромосом с дефицитом теломеразы [37], историю инвазии Solenopsis invicta [38], и ингибирования бактериального биогенеза рибосом [155]. Gentra Puregene Cell Kit использовали для исследования ассоциации GCH1 SNPs с интенсивностью капсаициновой боли [39], индукции лимфопролиферативных заболеваний посредством конститутивной активации JAK3 у мышей [40] и роль DGj в атипичной форме болезни Фабри [41].

Экстракция ДНК их растений

Clontech NucleoSpin columns использовали для исследования Notch1 мутаций, связанных с плоскоклеточным раком головы и шеи [100] и олигодендроглиом, индуцированных мутациями в CIC и FUBP1 [149].

Qiagen DNeasy Plant Mini Kit использовали для исследования штаммов фитофтороза, ответственного за ирландскийкартофельный голод [156], мутуалистической ассоциации орхидей с пчелами [60], эпигенома риса [61] и взаимовыгодного симбиоза между растениями и микоризными грибами [62].

Экстракция ДНК из животных клеток и микробов

Life Technologies Invitrogen Purelink Genomic DNA extraction kit использовали для исследования болезни Марека вирус-индуцированной трансформации лимфоцитов у кур [68] и бактериальной резистентности к антибиотикам [69].

Экстракция ДНК из клеток животных, микробов и растений

Life Technologies Invitrogen DNAzol использовали для изучения образования gE/gI гетеродимера [103], репрессии плейотропной эпигенетической сети, вызванной мутацией CRABP2 [104], microDNAs в клетках млекопитающих [102] и асимметричного клеточного цикла [160]. Its Invitrogen Easy-DNATM Kit использовали для изучения ClpB белка Mycoplasma pneumonia [105] и регенерации планарии [106].

Promega Wizard® Genomic DNA Purification Kit использовали для исследования регуляции экспрессии фосфокана с помощью Egr-1 в астроцитах после экспериментального инсульта [108], мутации в экзоне 3 CTNNB1 и накопления бета-катенина в паращитовидной аденоме больных [109], связи между полиморфизмом в RMI1, TOP3A, а также BLM и риском развития рака [32], мутаций в генах ENG, ACVRL1 и SMAD4 у корейских пациентов с наследственной геморрагической телеангиэктазией [110], роли полиморфизма A1818T в интроне 2 рецептора ангиотензин II в развитии иммуноглобулиновой нефропатии [111] и ассоциации восприимчивости ТБ и тяжестью полиморфизма генов цитокинов у пакистанских пациентов [107].

Экстракция ДНК из цельной крови

GE Healthcare GFX Genomic Blood DNA Purification Kit использовали для исследования потери сна у мужчин [44] и лечения мышечной дистрофии у собак [45].

Другие наборы

Beckman Coulter AMPure XP beads использовали для изучения на основе ДНК хранилища цифровой информации [161], соматический потери болезнетворных мутаций у пациентов с ихтиозом [162], влияния диетических изменений на микрофлору кишечника человека [134], модуляции функции кишечного микробиома диетами [130], этилена-опосредованного механизма контроля роста Arabidopsis [146] и хронометраж, управляемого циклическим активатором Arabidopsis [163].

Life Technologies Invitrogen Streptavidin Dynabeads M-280 использовали для исследования транскрипции Pol I [164] и сплайсинга интронов при MOPD I патологии развития [165].

New England Biolabs NEBNext DNA Sample Prep Reagent Set 1 использовали для исследования вариантов метилирования ДНК в различных Arabidopsis thaliana поколениях [152], MED12 мутации у больных с миомами [101] и распределения 5-гидроксиметилцитозина в ЭС клетках мыши [153].

Promega Wizard® PCR Preps DNA Purification System использовали для изучения экспрессии арилсульфатазы в клетках ARPE-19 [58] и адаптивной конвергенции в E. coli [151] Qiagen MinElute Gel Extraction Kit использовали для исследования обмена генами устойчивости к антибиотикам между почвенными бактериями и человеческими патогенами [11], влияния диетических пертурбаций на микрофлору кишечника человека [134] и этилена-опосредованного механизма контроля роста Arabidopsis [146]. MinElute PCR Purification Kit использовали для изучения роли каротиногенеза в кукурузе [147], генных мутации у рыб [148], Notch1 мутации, связанных с плоскоклеточным раком головы и шеи [100], олигодендроглиом, индуцированных CIC и FUBP1 мутациями [149], происхождения бактерии [150] и обмена генами устойчивости к антибиотикам между почвенными бактериями и человеческими патогенами [11]. QIAquick Gel Extraction Kit использовали для исследования В-клеточной дифференцировки [129], взаимодействия между APOBEC3G и мышиным вирусом лейкемии [47], роли кластера генов ORF9-ORF12 в репликации вируса ветряной оспе и инфекции кожи [131], эффект Anaplasma phagocytophilum на активность катепсина L [77], функции HlyU в Vibrio vulnificus CMCP6 [122], прогностического значения метилирования CXCL12 и ESR1 CpG островов при спорадическом раке молочной железы [132], обмене генами устойчивости к антибиотикам между почвенными бактериями и человеческими патогенами [11], модуляции функции микробиома кишечника с помощью диет [130], эволюции рибозимов, способных синтезировать РНК [133] и происхождении и эволюции вирусов ретикулоэндотелиоза [56]. QIAquick PCR Purification Kit использовали для изучения влияния модуляции USF1 в молекулярных и поведенческих циркадных ритмах у млекопитающих [128], механизма влияния изменения температуры на вирулентность Histoplasma capsulatum [114], взаимодействия между ENT4 и EWS/WT1 [113], связью между генной экспрессией и эпигенетической [115], прогностического значение дефицита C4A или C4B в выживаемости метастатической почечно-клеточной карциномы [116], метилированных локусов, связанных с раком простаты [48], слияния генов при раке [117], ассоциация подверженности ТБ и с тяжестью полиморфизма гена цитокина у пакистанских пациентов [107], взаимодействие между вирусом осповакцины P37 и LE-ассоциированными белками [15], TLR полиморфизма [118], мутации сульфотрансферазы 6 у больных с макулярной дистрофией роговицы [119], метилирования ER-бета-промотора в овариальных раковых клетках [89], регулирования передачи сигналов Bmp с помощью Bmper [120], функций SIRT1 в адипоцитах [121], функции HlyU в Vibrio vulnificus CMCP6 [122], Notch1 мутации, связанных с плоскоклеточным раком головы и шеи [100], способности синтетических генетических полимеров хранить информацию [123], синтеза алкалоида носкапина в Papaver somniferum [124], регулирующего эффекта Myrf на миелинизацию центральной нервной системы [125], роли LSD1 в созревании клеток крови [126] и происхождения австралийских аборигенов [127].

Zymo Research DNA Clean and Concentrator Kit использовали для изучения взаимосвязи между структурой хроматина и экспрессией генов [166] и адаптивной конвергенции у E. coli [151]. ZymocleanTM Gel DNA Recovery Kit использовали для исследования адаптивной конвергенции у E. coli [151] и регуляции патогенных и мутуалистических состояний Photorhabdus luminescens [8].

Ссылки
  1. Yoshikawa H, Dogruman-Al F, Dogruman-Ai F, Turk S, Kustimur S, Balaban N, et al. Evaluation of DNA extraction kits for molecular diagnosis of human Blastocystis subtypes from fecal samples. Parasitol Res. 2011;109:1045-50 pubmed publisher
  2. Coolen M. 7000 years of Emiliania huxleyi viruses in the Black Sea. Science. 2011;333:451-2 pubmed publisher
  3. Yuan S, Cohen D, Ravel J, Abdo Z, Forney L. Evaluation of methods for the extraction and purification of DNA from the human microbiome. PLoS ONE. 2012;7:e33865 pubmed publisher
  4. Claassen S, du Toit E, Kaba M, Moodley C, Zar H, Nicol M. A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples. J Microbiol Methods. 2013;94:103-10 pubmed publisher
  5. Kennedy N, Walker A, Berry S, Duncan S, Farquarson F, Louis P, et al. The impact of different DNA extraction kits and laboratories upon the assessment of human gut microbiota composition by 16S rRNA gene sequencing. PLoS ONE. 2014;9:e88982 pubmed publisher
  6. Peng X, Yu K, Deng G, Jiang Y, Wang Y, Zhang G, et al. Comparison of direct boiling method with commercial kits for extracting fecal microbiome DNA by Illumina sequencing of 16S rRNA tags. J Microbiol Methods. 2013;95:455-62 pubmed publisher
  7. Szabó A, Papin C, Zorn D, Ponien P, Weber F, Raabe T, et al. The CK2 kinase stabilizes CLOCK and represses its activity in the Drosophila circadian oscillator. PLoS Biol. 2013;11:e1001645 pubmed publisher
  8. Somvanshi V, Sloup R, Crawford J, Martin A, Heidt A, Kim K, et al. A single promoter inversion switches Photorhabdus between pathogenic and mutualistic states. Science. 2012;337:88-93 pubmed publisher
  9. Alegado R, Brown L, Cao S, Dermenjian R, Zuzow R, Fairclough S, et al. A bacterial sulfonolipid triggers multicellular development in the closest living relatives of animals. elife. 2012;1:e00013 pubmed publisher
  10. Van't Hof A, Edmonds N, Dalíková M, Marec F, Saccheri I. Industrial melanism in British peppered moths has a singular and recent mutational origin. Science. 2011;332:958-60 pubmed publisher
  11. Forsberg K, Reyes A, Wang B, Selleck E, Sommer M, Dantas G. The shared antibiotic resistome of soil bacteria and human pathogens. Science. 2012;337:1107-11 pubmed publisher
  12. Mendes R, Kruijt M, de Bruijn I, Dekkers E, van der Voort M, Schneider J, et al. Deciphering the rhizosphere microbiome for disease-suppressive bacteria. Science. 2011;332:1097-100 pubmed publisher
  13. Wu G, Lewis J, Hoffmann C, Chen Y, Knight R, Bittinger K, et al. Sampling and pyrosequencing methods for characterizing bacterial communities in the human gut using 16S sequence tags. BMC Microbiol. 2010;10:206 pubmed publisher
  14. Wu G, Chen J, Hoffmann C, Bittinger K, Chen Y, Keilbaugh S, et al. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes. Science. 2011;334:105-8 pubmed publisher
  15. Chen Y, Honeychurch K, Yang G, Byrd C, Harver C, Hruby D, et al. Vaccinia virus p37 interacts with host proteins associated with LE-derived transport vesicle biogenesis. Virol J. 2009;6:44 pubmed publisher
  16. Kuss S, Best G, Etheredge C, Pruijssers A, Frierson J, Hooper L, et al. Intestinal microbiota promote enteric virus replication and systemic pathogenesis. Science. 2011;334:249-52 pubmed publisher
  17. Klinge S, Voigts-Hoffmann F, Leibundgut M, Arpagaus S, Ban N. Crystal structure of the eukaryotic 60S ribosomal subunit in complex with initiation factor 6. Science. 2011;334:941-8 pubmed publisher
  18. Balbas M, Evans M, Hosfield D, Wongvipat J, Arora V, Watson P, et al. Overcoming mutation-based resistance to antiandrogens with rational drug design. elife. 2013;2:e00499 pubmed publisher
  19. Antonic A, Sena E, Lees J, Wills T, Skeers P, Batchelor P, et al. Stem cell transplantation in traumatic spinal cord injury: a systematic review and meta-analysis of animal studies. PLoS Biol. 2013;11:e1001738 pubmed publisher
  20. Hartner J, Walkley C, Lu J, Orkin S. ADAR1 is essential for the maintenance of hematopoiesis and suppression of interferon signaling. Nat Immunol. 2009;10:109-15 pubmed publisher
  21. Simmons G, Glynn S, Komaroff A, Mikovits J, Tobler L, Hackett J, et al. Failure to confirm XMRV/MLVs in the blood of patients with chronic fatigue syndrome: a multi-laboratory study. Science. 2011;334:814-7 pubmed publisher
  22. Iguchi T, Sugita S, Wang C, Newman N, Nakatani T, Haas G. MnSOD genotype and prostate cancer risk as a function of NAT genotype and smoking status. In Vivo. 2009;23:7-12 pubmed
  23. Gutierrez-Arcelus M, Lappalainen T, Montgomery S, Buil A, Ongen H, Yurovsky A, et al. Passive and active DNA methylation and the interplay with genetic variation in gene regulation. elife. 2013;2:e00523 pubmed publisher
  24. Kawamoto S, Tran T, Maruya M, Suzuki K, Doi Y, Tsutsui Y, et al. The inhibitory receptor PD-1 regulates IgA selection and bacterial composition in the gut. Science. 2012;336:485-9 pubmed publisher
  25. Naik S, Bouladoux N, Wilhelm C, Molloy M, Salcedo R, Kastenmuller W, et al. Compartmentalized control of skin immunity by resident commensals. Science. 2012;337:1115-9 pubmed publisher
  26. Iliev I, Funari V, Taylor K, Nguyen Q, Reyes C, Strom S, et al. Interactions between commensal fungi and the C-type lectin receptor Dectin-1 influence colitis. Science. 2012;336:1314-7 pubmed publisher
  27. Hand T, Dos Santos L, Bouladoux N, Molloy M, Pagán A, Pepper M, et al. Acute gastrointestinal infection induces long-lived microbiota-specific T cell responses. Science. 2012;337:1553-6 pubmed
  28. Vaishnava S, Yamamoto M, Severson K, Ruhn K, Yu X, Koren O, et al. The antibacterial lectin RegIIIgamma promotes the spatial segregation of microbiota and host in the intestine. Science. 2011;334:255-8 pubmed publisher
  29. Edery P, Marcaillou C, Sahbatou M, Labalme A, Chastang J, Touraine R, et al. Association of TALS developmental disorder with defect in minor splicing component U4atac snRNA. Science. 2011;332:240-3 pubmed publisher
  30. John K, Ragavan N, Pratt M, Singh P, Al-Buheissi S, Matanhelia S, et al. Quantification of phase I/II metabolizing enzyme gene expression and polycyclic aromatic hydrocarbon-DNA adduct levels in human prostate. Prostate. 2009;69:505-19 pubmed publisher
  31. Woolcott C, Maskarinec G, Haiman C, Verheus M, Pagano I, Le Marchand L, et al. Association between breast cancer susceptibility loci and mammographic density: the Multiethnic Cohort. Breast Cancer Res. 2009;11:R10 pubmed publisher
  32. Broberg K, Huynh E, Schläwicke Engström K, Bjork J, Albin M, Ingvar C, et al. Association between polymorphisms in RMI1, TOP3A, and BLM and risk of cancer, a case-control study. BMC Cancer. 2009;9:140 pubmed publisher
  33. Tyner J, Erickson H, Deininger M, Willis S, Eide C, Levine R, et al. High-throughput sequencing screen reveals novel, transforming RAS mutations in myeloid leukemia patients. Blood. 2009;113:1749-55 pubmed publisher
  34. Seo J, Yaneva R, Hinson E, Cresswell P. Human cytomegalovirus directly induces the antiviral protein viperin to enhance infectivity. Science. 2011;332:1093-7 pubmed publisher
  35. Modi B, Neustadter J, Binda E, Lewis J, Filler R, Roberts S, et al. Langerhans cells facilitate epithelial DNA damage and squamous cell carcinoma. Science. 2012;335:104-8 pubmed publisher
  36. King B, Gillis J, Carlisle H, Dahn R. A natural deletion of the HoxC cluster in elasmobranch fishes. Science. 2011;334:1517 pubmed publisher
  37. Lowden M, Flibotte S, Moerman D, Ahmed S. DNA synthesis generates terminal duplications that seal end-to-end chromosome fusions. Science. 2011;332:468-71 pubmed publisher
  38. Ascunce M, Yang C, Oakey J, Calcaterra L, Wu W, Shih C, et al. Global invasion history of the fire ant Solenopsis invicta. Science. 2011;331:1066-8 pubmed publisher
  39. Campbell C, Edwards R, Carmona C, Uhart M, Wand G, Carteret A, et al. Polymorphisms in the GTP cyclohydrolase gene (GCH1) are associated with ratings of capsaicin pain. Pain. 2009;141:114-8 pubmed publisher
  40. Cornejo M, Kharas M, Werneck M, Le Bras S, Moore S, Ball B, et al. Constitutive JAK3 activation induces lymphoproliferative syndromes in murine bone marrow transplantation models. Blood. 2009;113:2746-54 pubmed publisher
  41. Park J, Kim G, Kim S, Ko J, Lee J, Yoo H. Effects of a chemical chaperone on genetic mutations in alpha-galactosidase A in Korean patients with Fabry disease. Exp Mol Med. 2009;41:1-7 pubmed
  42. Meredith R, Janecka J, Gatesy J, Ryder O, Fisher C, Teeling E, et al. Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg extinction on mammal diversification. Science. 2011;334:521-4 pubmed publisher
  43. Kim Y, McBride J, Kimlin L, Pae E, Deshpande A, Wong D. Targeted inactivation of p12, CDK2 associating protein 1, leads to early embryonic lethality. PLoS ONE. 2009;4:e4518 pubmed publisher
  44. Lesku J, Rattenborg N, Valcu M, Vyssotski A, Kuhn S, Kuemmeth F, et al. Adaptive sleep loss in polygynous pectoral sandpipers. Science. 2012;337:1654-8 pubmed
  45. Kerkis I, Ambrosio C, Kerkis A, Martins D, Zucconi E, Fonseca S, et al. Early transplantation of human immature dental pulp stem cells from baby teeth to golden retriever muscular dystrophy (GRMD) dogs: Local or systemic?. J Transl Med. 2008;6:35 pubmed publisher
  46. Schröder J, Lüllmann-Rauch R, Himmerkus N, Pleines I, Nieswandt B, Orinska Z, et al. Deficiency of the tetraspanin CD63 associated with kidney pathology but normal lysosomal function. Mol Cell Biol. 2009;29:1083-94 pubmed publisher
  47. Rulli S, Mirro J, Hill S, Lloyd P, Gorelick R, Coffin J, et al. Interactions of murine APOBEC3 and human APOBEC3G with murine leukemia viruses. J Virol. 2008;82:6566-75 pubmed publisher
  48. Kron K, Pethe V, Briollais L, Sadikovic B, Ozcelik H, Sunderji A, et al. Discovery of novel hypermethylated genes in prostate cancer using genomic CpG island microarrays. PLoS ONE. 2009;4:e4830 pubmed publisher
  49. Jang T, Oak C, Chang H, Suo S, Jung M. EGFR and KRAS mutations in patients with adenocarcinoma of the lung. Korean J Intern Med. 2009;24:48-54 pubmed publisher
  50. Ozturk N, Lee J, Gaddameedhi S, Sancar A. Loss of cryptochrome reduces cancer risk in p53 mutant mice. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:2841-6 pubmed publisher
  51. Con S, Takeuchi H, Con-Chin G, Con-Chin V, Yasuda N, Con-Wong R. Role of bacterial and genetic factors in gastric cancer in Costa Rica. World J Gastroenterol. 2009;15:211-8 pubmed
  52. Fischer M, Suttle C. A virophage at the origin of large DNA transposons. Science. 2011;332:231-4 pubmed publisher
  53. Login F, Balmand S, Vallier A, Vincent-Monegat C, Vigneron A, Weiss-Gayet M, et al. Antimicrobial peptides keep insect endosymbionts under control. Science. 2011;334:362-5 pubmed publisher
  54. Ogino S, Kawasaki T, Nosho K, Ohnishi M, Suemoto Y, Kirkner G, et al. LINE-1 hypomethylation is inversely associated with microsatellite instability and CpG island methylator phenotype in colorectal cancer. Int J Cancer. 2008;122:2767-73 pubmed publisher
  55. Li M, Wang I, Li Y, Bruzel A, Richards A, Toung J, et al. Widespread RNA and DNA sequence differences in the human transcriptome. Science. 2011;333:53-8 pubmed publisher
  56. Niewiadomska A, Gifford R. The extraordinary evolutionary history of the reticuloendotheliosis viruses. PLoS Biol. 2013;11:e1001642 pubmed publisher
  57. Varenhorst C, James S, Erlinge D, Brandt J, Braun O, Man M, et al. Genetic variation of CYP2C19 affects both pharmacokinetic and pharmacodynamic responses to clopidogrel but not prasugrel in aspirin-treated patients with coronary artery disease. Eur Heart J. 2009;30:1744-52 pubmed publisher
  58. Oshikawa M, Usami R, Kato S. Characterization of the arylsulfatase I (ARSI) gene preferentially expressed in the human retinal pigment epithelium cell line ARPE-19. Mol Vis. 2009;15:482-94 pubmed
  59. Le Clorennec C, Ouk T, Youlyouz-Marfak I, Panteix S, Martin C, Rastelli J, et al. Molecular basis of cytotoxicity of Epstein-Barr virus (EBV) latent membrane protein 1 (LMP1) in EBV latency III B cells: LMP1 induces type II ligand-independent autoactivation of CD95/Fas with caspase 8-mediated apoptosis. J Virol. 2008;82:6721-33 pubmed publisher
  60. Ramírez S, Eltz T, Fujiwara M, Gerlach G, Goldman-Huertas B, Tsutsui N, et al. Asynchronous diversification in a specialized plant-pollinator mutualism. Science. 2011;333:1742-6 pubmed publisher
  61. Li X, Wang X, He K, Ma Y, Su N, He H, et al. High-resolution mapping of epigenetic modifications of the rice genome uncovers interplay between DNA methylation, histone methylation, and gene expression. Plant Cell. 2008;20:259-76 pubmed publisher
  62. Kiers E, Duhamel M, Beesetty Y, Mensah J, Franken O, Verbruggen E, et al. Reciprocal rewards stabilize cooperation in the mycorrhizal symbiosis. Science. 2011;333:880-2 pubmed publisher
  63. Zhao X, Harashima H, Dissmeyer N, Pusch S, Weimer A, Bramsiepe J, et al. A general G1/S-phase cell-cycle control module in the flowering plant Arabidopsis thaliana. PLoS Genet. 2012;8:e1002847 pubmed publisher
  64. Waters M, Brewer P, Bussell J, Smith S, Beveridge C. The Arabidopsis ortholog of rice DWARF27 acts upstream of MAX1 in the control of plant development by strigolactones. Plant Physiol. 2012;159:1073-85 pubmed publisher
  65. Prasad K, Song B, Olson-Manning C, Anderson J, Lee C, Schranz M, et al. A gain-of-function polymorphism controlling complex traits and fitness in nature. Science. 2012;337:1081-4 pubmed publisher
  66. Hashimoto S, Boissel S, Zarhrate M, Rio M, Munnich A, Egly J, et al. MED23 mutation links intellectual disability to dysregulation of immediate early gene expression. Science. 2011;333:1161-3 pubmed publisher
  67. Chakraborty S, Mohiyuddin S, Gopinath K, Kumar A. Involvement of TSC genes and differential expression of other members of the mTOR signaling pathway in oral squamous cell carcinoma. BMC Cancer. 2008;8:163 pubmed publisher
  68. Suchodolski P, Izumiya Y, Lupiani B, Ajithdoss D, Gilad O, Lee L, et al. Homodimerization of Marek's disease virus-encoded Meq protein is not sufficient for transformation of lymphocytes in chickens. J Virol. 2009;83:859-69 pubmed publisher
  69. Zhang Q, Lambert G, Liao D, Kim H, Robin K, Tung C, et al. Acceleration of emergence of bacterial antibiotic resistance in connected microenvironments. Science. 2011;333:1764-7 pubmed publisher
  70. Manceau M, Domingues V, Mallarino R, Hoekstra H. The developmental role of Agouti in color pattern evolution. Science. 2011;331:1062-5 pubmed publisher
  71. Solomon D, Kim T, Diaz-Martinez L, Fair J, Elkahloun A, Harris B, et al. Mutational inactivation of STAG2 causes aneuploidy in human cancer. Science. 2011;333:1039-43 pubmed publisher
  72. Pavicic W, Laguens M, Richard S. Analysis association between mitochondrial genome instability and xenobiotic metabolizing genes in human breast cancer. Mol Med. 2009;15:160-5 pubmed publisher
  73. Auner V, Kriegshäuser G, Tong D, Horvat R, Reinthaller A, Mustea A, et al. KRAS mutation analysis in ovarian samples using a high sensitivity biochip assay. BMC Cancer. 2009;9:111 pubmed publisher
  74. Paprotka T, Delviks-Frankenberry K, Cingoz O, Martinez A, Kung H, Tepper C, et al. Recombinant origin of the retrovirus XMRV. Science. 2011;333:97-101 pubmed publisher
  75. Iyer G, Hanrahan A, Milowsky M, Al-Ahmadie H, Scott S, Janakiraman M, et al. Genome sequencing identifies a basis for everolimus sensitivity. Science. 2012;338:221 pubmed publisher
  76. Gilchrist D, Nechaev S, Lee C, Ghosh S, Collins J, Li L, et al. NELF-mediated stalling of Pol II can enhance gene expression by blocking promoter-proximal nucleosome assembly. Genes Dev. 2008;22:1921-33 pubmed publisher
  77. Thomas V, Samanta S, Fikrig E. Anaplasma phagocytophilum increases cathepsin L activity, thereby globally influencing neutrophil function. Infect Immun. 2008;76:4905-12 pubmed publisher
  78. Algar E, Muscat A, Dagar V, Rickert C, Chow C, Biegel J, et al. Imprinted CDKN1C is a tumor suppressor in rhabdoid tumor and activated by restoration of SMARCB1 and histone deacetylase inhibitors. PLoS ONE. 2009;4:e4482 pubmed publisher
  79. Esteve P, Chin H, Benner J, Feehery G, Samaranayake M, Horwitz G, et al. Regulation of DNMT1 stability through SET7-mediated lysine methylation in mammalian cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:5076-81 pubmed publisher
  80. Frappart P, Lee Y, Russell H, Chalhoub N, Wang Y, Orii K, et al. Recurrent genomic alterations characterize medulloblastoma arising from DNA double-strand break repair deficiency. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:1880-5 pubmed publisher
  81. Stransky N, Egloff A, Tward A, Kostic A, Cibulskis K, Sivachenko A, et al. The mutational landscape of head and neck squamous cell carcinoma. Science. 2011;333:1157-60 pubmed publisher
  82. Iverson V, Morris R, Frazar C, Berthiaume C, Morales R, Armbrust E. Untangling genomes from metagenomes: revealing an uncultured class of marine Euryarchaeota. Science. 2012;335:587-90 pubmed publisher
  83. Ghosh R, Andersen E, Shapiro J, Gerke J, Kruglyak L. Natural variation in a chloride channel subunit confers avermectin resistance in C. elegans. Science. 2012;335:574-8 pubmed publisher
  84. Vicoso B, Emerson J, Zektser Y, Mahajan S, Bachtrog D. Comparative sex chromosome genomics in snakes: differentiation, evolutionary strata, and lack of global dosage compensation. PLoS Biol. 2013;11:e1001643 pubmed publisher
  85. Goldoni S, Seidler D, Heath J, Fassan M, Baffa R, Thakur M, et al. An antimetastatic role for decorin in breast cancer. Am J Pathol. 2008;173:844-55 pubmed publisher
  86. Gandhi J, Zhang J, Xie Y, Soh J, Shigematsu H, Zhang W, et al. Alterations in genes of the EGFR signaling pathway and their relationship to EGFR tyrosine kinase inhibitor sensitivity in lung cancer cell lines. PLoS ONE. 2009;4:e4576 pubmed publisher
  87. Mitchell R, Lee S, Randazzo W, Simmons Z, Connor J. Influence of HFE variants and cellular iron on monocyte chemoattractant protein-1. J Neuroinflammation. 2009;6:6 pubmed publisher
  88. Liang S, Yang N, Pan Y, Deng S, Lin X, Yang X, et al. Expression of activated PIK3CA in ovarian surface epithelium results in hyperplasia but not tumor formation. PLoS ONE. 2009;4:e4295 pubmed publisher
  89. Yap O, Bhat G, Liu L, Tollefsbol T. Epigenetic modifications of the Estrogen receptor beta gene in epithelial ovarian cancer cells. Anticancer Res. 2009;29:139-44 pubmed
  90. Imaeda A, Watanabe A, Sohail M, Mahmood S, Mohamadnejad M, Sutterwala F, et al. Acetaminophen-induced hepatotoxicity in mice is dependent on Tlr9 and the Nalp3 inflammasome. J Clin Invest. 2009;119:305-14 pubmed publisher
  91. Zampieri M, Passananti C, Calabrese R, Perilli M, Corbi N, De Cave F, et al. Parp1 localizes within the Dnmt1 promoter and protects its unmethylated state by its enzymatic activity. PLoS ONE. 2009;4:e4717 pubmed publisher
  92. Humann J, Ziemkiewicz H, Yurgel S, Kahn M. Regulatory and DNA repair genes contribute to the desiccation resistance of Sinorhizobium meliloti Rm1021. Appl Environ Microbiol. 2009;75:446-53 pubmed publisher
  93. Parvanov E, Petkov P, Paigen K. Prdm9 controls activation of mammalian recombination hotspots. Science. 2010;327:835 pubmed publisher
  94. Pan F, Yu H, Dang E, Barbi J, Pan X, Grosso J, et al. Eos mediates Foxp3-dependent gene silencing in CD4+ regulatory T cells. Science. 2009;325:1142-6 pubmed publisher
  95. Mokkonen M, Kokko H, Koskela E, Lehtonen J, Mappes T, Martiskainen H, et al. Negative frequency-dependent selection of sexually antagonistic alleles in Myodes glareolus. Science. 2011;334:972-4 pubmed publisher
  96. Pastore E, Perrone F, Orsenigo M, Mariani L, Millefanti C, Riccio S, et al. Polymorphisms of Metabolizing Enzymes and Susceptibility to Ethmoid Intestinal-type Adenocarcinoma in Professionally Exposed Patients. Transl Oncol. 2009;2:84-8 pubmed
  97. Snelgrove R, Jackson P, Hardison M, Noerager B, Kinloch A, Gaggar A, et al. A critical role for LTA4H in limiting chronic pulmonary neutrophilic inflammation. Science. 2010;330:90-4 pubmed publisher
  98. Konova I, Pan'kina O, Lebed' E, Bartoshevich I. [Lipids of initial and mutant cultures of Penicillium chrysogenum, producers of penicillin]. Antibiot Khimioter. 1989;34:3-6 pubmed
  99. Ramachandran V, Ismail P, Stanslas J, Shamsudin N. Analysis of renin-angiotensin aldosterone system gene polymorphisms in Malaysian essential hypertensive and type 2 diabetic subjects. Cardiovasc Diabetol. 2009;8:11 pubmed publisher
  100. Agrawal N, Frederick M, Pickering C, Bettegowda C, Chang K, Li R, et al. Exome sequencing of head and neck squamous cell carcinoma reveals inactivating mutations in NOTCH1. Science. 2011;333:1154-7 pubmed publisher
  101. Mäkinen N, Mehine M, Tolvanen J, Kaasinen E, Li Y, Lehtonen H, et al. MED12, the mediator complex subunit 12 gene, is mutated at high frequency in uterine leiomyomas. Science. 2011;334:252-5 pubmed publisher
  102. Shibata Y, Kumar P, Layer R, Willcox S, Gagan J, Griffith J, et al. Extrachromosomal microDNAs and chromosomal microdeletions in normal tissues. Science. 2012;336:82-6 pubmed publisher
  103. Berarducci B, Rajamani J, Reichelt M, Sommer M, Zerboni L, Arvin A. Deletion of the first cysteine-rich region of the varicella-zoster virus glycoprotein E ectodomain abolishes the gE and gI interaction and differentially affects cell-cell spread and viral entry. J Virol. 2009;83:228-40 pubmed publisher
  104. Corlazzoli F, Rossetti S, Bistulfi G, Ren M, Sacchi N. Derangement of a factor upstream of RARalpha triggers the repression of a pleiotropic epigenetic network. PLoS ONE. 2009;4:e4305 pubmed publisher
  105. Kannan T, Musatovova O, Gowda P, Baseman J. Characterization of a unique ClpB protein of Mycoplasma pneumoniae and its impact on growth. Infect Immun. 2008;76:5082-92 pubmed publisher
  106. Wagner D, Wang I, Reddien P. Clonogenic neoblasts are pluripotent adult stem cells that underlie planarian regeneration. Science. 2011;332:811-6 pubmed publisher
  107. Ansari A, Talat N, Jamil B, Hasan Z, Razzaki T, Dawood G, et al. Cytokine gene polymorphisms across tuberculosis clinical spectrum in Pakistani patients. PLoS ONE. 2009;4:e4778 pubmed publisher
  108. Beck H, Semisch M, Culmsee C, Plesnila N, Hatzopoulos A. Egr-1 regulates expression of the glial scar component phosphacan in astrocytes after experimental stroke. Am J Pathol. 2008;173:77-92 pubmed publisher
  109. Björklund P, Lindberg D, Akerstrom G, Westin G. Stabilizing mutation of CTNNB1/beta-catenin and protein accumulation analyzed in a large series of parathyroid tumors of Swedish patients. Mol Cancer. 2008;7:53 pubmed publisher
  110. Lee S, Kim J, Jang S, Kim D, Do Y, Suh G, et al. Clinical features and mutations in the ENG, ACVRL1, and SMAD4 genes in Korean patients with hereditary hemorrhagic telangiectasia. J Korean Med Sci. 2009;24:69-76 pubmed publisher
  111. Yoon H, Chin H, Na K, Chae D, Kim S, Jeon U, et al. Association of angiotensin II type 2 receptor gene A1818T polymorphism with progression of immunoglobulin A nephropathy in Korean patients. J Korean Med Sci. 2009;24:S38-43 pubmed publisher
  112. Miller S, Dykes D, Polesky H. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Res. 1988;16:1215 pubmed
  113. Li H, Smolen G, Beers L, Xia L, Gerald W, Wang J, et al. Adenosine transporter ENT4 is a direct target of EWS/WT1 translocation product and is highly expressed in desmoplastic small round cell tumor. PLoS ONE. 2008;3:e2353 pubmed publisher
  114. Beyhan S, Gutiérrez M, Voorhies M, Sil A. A temperature-responsive network links cell shape and virulence traits in a primary fungal pathogen. PLoS Biol. 2013;11:e1001614 pubmed publisher
  115. Figueroa M, Reimers M, Thompson R, Ye K, Li Y, Selzer R, et al. An integrative genomic and epigenomic approach for the study of transcriptional regulation. PLoS ONE. 2008;3:e1882 pubmed publisher
  116. Zafar G, Grimm E, Wei W, Johnson M, Ellerhorst J. Genetic deficiency of complement isoforms C4A or C4B predicts improved survival of metastatic renal cell carcinoma. J Urol. 2009;181:1028-34; discussion 1034 pubmed publisher
  117. Maher C, Kumar-Sinha C, Cao X, Kalyana-Sundaram S, Han B, Jing X, et al. Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer. Nature. 2009;458:97-101 pubmed publisher
  118. Greene J, Moormann A, Vulule J, Bockarie M, Zimmerman P, Kazura J. Toll-like receptor polymorphisms in malaria-endemic populations. Malar J. 2009;8:50 pubmed publisher
  119. Birgani S, Salehi Z, Houshmand M, Mohamadi M, Promehr L, Mozafarzadeh Z. Novel mutations of CHST6 in Iranian patients with macular corneal dystrophy. Mol Vis. 2009;15:373-7 pubmed
  120. Kelley R, Ren R, Pi X, Wu Y, Moreno I, Willis M, et al. A concentration-dependent endocytic trap and sink mechanism converts Bmper from an activator to an inhibitor of Bmp signaling. J Cell Biol. 2009;184:597-609 pubmed publisher
  121. Yoshizaki T, Milne J, Imamura T, Schenk S, Sonoda N, Babendure J, et al. SIRT1 exerts anti-inflammatory effects and improves insulin sensitivity in adipocytes. Mol Cell Biol. 2009;29:1363-74 pubmed publisher
  122. Liu M, Naka H, Crosa J. HlyU acts as an H-NS antirepressor in the regulation of the RTX toxin gene essential for the virulence of the human pathogen Vibrio vulnificus CMCP6. Mol Microbiol. 2009;72:491-505 pubmed publisher
  123. Pinheiro V, Taylor A, Cozens C, Abramov M, Renders M, Zhang S, et al. Synthetic genetic polymers capable of heredity and evolution. Science. 2012;336:341-4 pubmed publisher
  124. Winzer T, Gazda V, He Z, Kaminski F, Kern M, Larson T, et al. A Papaver somniferum 10-gene cluster for synthesis of the anticancer alkaloid noscapine. Science. 2012;336:1704-8 pubmed publisher
  125. Bujalka H, Koenning M, Jackson S, Perreau V, Pope B, Hay C, et al. MYRF is a membrane-associated transcription factor that autoproteolytically cleaves to directly activate myelin genes. PLoS Biol. 2013;11:e1001625 pubmed publisher
  126. Kerenyi M, Shao Z, Hsu Y, Guo G, Luc S, O'Brien K, et al. Histone demethylase Lsd1 represses hematopoietic stem and progenitor cell signatures during blood cell maturation. elife. 2013;2:e00633 pubmed publisher
  127. Rasmussen M, Guo X, Wang Y, Lohmueller K, Rasmussen S, Albrechtsen A, et al. An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia. Science. 2011;334:94-8 pubmed publisher
  128. Shimomura K, Kumar V, Koike N, Kim T, Chong J, Buhr E, et al. Usf1, a suppressor of the circadian Clock mutant, reveals the nature of the DNA-binding of the CLOCK:BMAL1 complex in mice. elife. 2013;2:e00426 pubmed publisher
  129. Schneider D, Manzan M, Crawford R, Chen W, Kaminski N. 2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin-mediated impairment of B cell differentiation involves dysregulation of paired box 5 (Pax5) isoform, Pax5a. J Pharmacol Exp Ther. 2008;326:463-74 pubmed publisher
  130. Muegge B, Kuczynski J, Knights D, Clemente J, Gonzalez A, Fontana L, et al. Diet drives convergence in gut microbiome functions across mammalian phylogeny and within humans. Science. 2011;332:970-4 pubmed publisher
  131. Che X, Reichelt M, Sommer M, Rajamani J, Zerboni L, Arvin A. Functions of the ORF9-to-ORF12 gene cluster in varicella-zoster virus replication and in the pathogenesis of skin infection. J Virol. 2008;82:5825-34 pubmed publisher
  132. Ramos E, Camargo A, Braun K, Slowik R, Cavalli I, Ribeiro E, et al. Simultaneous CXCL12 and ESR1 CpG island hypermethylation correlates with poor prognosis in sporadic breast cancer. BMC Cancer. 2010;10:23 pubmed publisher
  133. Wochner A, Attwater J, Coulson A, Holliger P. Ribozyme-catalyzed transcription of an active ribozyme. Science. 2011;332:209-12 pubmed publisher
  134. McNulty N, Wu M, Erickson A, Pan C, Erickson B, Martens E, et al. Effects of diet on resource utilization by a model human gut microbiota containing Bacteroides cellulosilyticus WH2, a symbiont with an extensive glycobiome. PLoS Biol. 2013;11:e1001637 pubmed publisher
  135. Dominissini D, Moshitch-Moshkovitz S, Salmon-Divon M, Amariglio N, Rechavi G. Transcriptome-wide mapping of N(6)-methyladenosine by m(6)A-seq based on immunocapturing and massively parallel sequencing. Nat Protoc. 2013;8:176-89 pubmed publisher
  136. Huang Y, Pastor W, Zepeda-Martínez J, Rao A. The anti-CMS technique for genome-wide mapping of 5-hydroxymethylcytosine. Nat Protoc. 2012;7:1897-908 pubmed publisher
  137. Chabot C, Allen L. Global population structure of the tope (Galeorhinus galeus) inferred by mitochondrial control region sequence data. Mol Ecol. 2009;18:545-52 pubmed publisher
  138. Dodgson A, Pujol C, Denning D, Soll D, Fox A. Multilocus sequence typing of Candida glabrata reveals geographically enriched clades. J Clin Microbiol. 2003;41:5709-17 pubmed
  139. Ruas-Madiedo P, Hernández-Barranco A, Margolles A, de los Reyes-Gavilan C. A bile salt-resistant derivative of Bifidobacterium animalis has an altered fermentation pattern when grown on glucose and maltose. Appl Environ Microbiol. 2005;71:6564-70 pubmed
  140. Uda-Shimoda C, Colli C, Pavanelli M, Falavigna-Guilherme A, Gomes M. Simplified protocol for DNA extraction and amplification of 2 molecular markers to detect and type Giardia duodenalis. Diagn Microbiol Infect Dis. 2014;78:53-8 pubmed publisher
  141. Stothard P, Choi J, Basu U, Sumner-Thomson J, Meng Y, Liao X, et al. Whole genome resequencing of black Angus and Holstein cattle for SNP and CNV discovery. BMC Genomics. 2011;12:559 pubmed publisher
  142. Costanzo S, Ospina-Giraldo M, Deahl K, Baker C, Jones R. Gene duplication event in family 12 glycosyl hydrolase from Phytophthora spp. Fungal Genet Biol. 2006;43:707-14 pubmed
  143. Kursunoglu-Brahme S, Resnick D. Magnetic resonance imaging of the shoulder. Radiol Clin North Am. 1990;28:941-54 pubmed
  144. Vandermoten S, Francis F, Haubruge E, Leal W. Conserved odorant-binding proteins from aphids and eavesdropping predators. PLoS ONE. 2011;6:e23608 pubmed publisher
  145. Gong S, Yang Z, Lei L, Shen L, Zhong G. Characterization of Chlamydia trachomatis plasmid-encoded open reading frames. J Bacteriol. 2013;195:3819-26 pubmed publisher
  146. Chang K, Zhong S, Weirauch M, Hon G, Pelizzola M, Li H, et al. Temporal transcriptional response to ethylene gas drives growth hormone cross-regulation in Arabidopsis. elife. 2013;2:e00675 pubmed publisher
  147. Li F, Vallabhaneni R, Yu J, Rocheford T, Wurtzel E. The maize phytoene synthase gene family: overlapping roles for carotenogenesis in endosperm, photomorphogenesis, and thermal stress tolerance. Plant Physiol. 2008;147:1334-46 pubmed publisher
  148. Foley J, Yeh J, Maeder M, Reyon D, Sander J, Peterson R, et al. Rapid mutation of endogenous zebrafish genes using zinc finger nucleases made by Oligomerized Pool ENgineering (OPEN). PLoS ONE. 2009;4:e4348 pubmed publisher
  149. Bettegowda C, Agrawal N, Jiao Y, Sausen M, Wood L, Hruban R, et al. Mutations in CIC and FUBP1 contribute to human oligodendroglioma. Science. 2011;333:1453-5 pubmed publisher
  150. Swan B, Martinez-Garcia M, Preston C, Sczyrba A, Woyke T, Lamy D, et al. Potential for chemolithoautotrophy among ubiquitous bacteria lineages in the dark ocean. Science. 2011;333:1296-300 pubmed publisher
  151. Tenaillon O, Rodríguez-Verdugo A, Gaut R, McDonald P, Bennett A, Long A, et al. The molecular diversity of adaptive convergence. Science. 2012;335:457-61 pubmed publisher
  152. Schmitz R, Schultz M, Lewsey M, O'Malley R, Urich M, Libiger O, et al. Transgenerational epigenetic instability is a source of novel methylation variants. Science. 2011;334:369-73 pubmed publisher
  153. Booth M, Branco M, Ficz G, Oxley D, Krueger F, Reik W, et al. Quantitative sequencing of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at single-base resolution. Science. 2012;336:934-7 pubmed publisher
  154. Floudas D, Binder M, Riley R, Barry K, Blanchette R, Henrissat B, et al. The Paleozoic origin of enzymatic lignin decomposition reconstructed from 31 fungal genomes. Science. 2012;336:1715-9 pubmed publisher
  155. Stokes J, Davis J, Mangat C, Williamson J, Brown E. Discovery of a small molecule that inhibits bacterial ribosome biogenesis. elife. 2014;3:e03574 pubmed publisher
  156. Yoshida K, Schuenemann V, Cano L, Pais M, Mishra B, Sharma R, et al. The rise and fall of the Phytophthora infestans lineage that triggered the Irish potato famine. elife. 2013;2:e00731 pubmed publisher
  157. Hawley D, Osnas E, Dobson A, Hochachka W, Ley D, Dhondt A. Parallel patterns of increased virulence in a recently emerged wildlife pathogen. PLoS Biol. 2013;11:e1001570 pubmed publisher
  158. Peña-Miller R, Laehnemann D, Jansen G, Fuentes-Hernandez A, Rosenstiel P, Schulenburg H, et al. When the most potent combination of antibiotics selects for the greatest bacterial load: the smile-frown transition. PLoS Biol. 2013;11:e1001540 pubmed publisher
  159. Zhang Y, Xie Y, Berglund E, Coate K, He T, Katafuchi T, et al. The starvation hormone, fibroblast growth factor-21, extends lifespan in mice. elife. 2012;1:e00065 pubmed publisher
  160. Murray S, Panis G, Fumeaux C, Viollier P, Howard M. Computational and genetic reduction of a cell cycle to its simplest, primordial components. PLoS Biol. 2013;11:e1001749 pubmed publisher
  161. Church G, Gao Y, Kosuri S. Next-generation digital information storage in DNA. Science. 2012;337:1628 pubmed
  162. Choate K, Lu Y, Zhou J, Choi M, Elias P, Farhi A, et al. Mitotic recombination in patients with ichthyosis causes reversion of dominant mutations in KRT10. Science. 2010;330:94-7 pubmed publisher
  163. Hsu P, Devisetty U, Harmer S. Accurate timekeeping is controlled by a cycling activator in Arabidopsis. elife. 2013;2:e00473 pubmed publisher
  164. Naidu S, Friedrich J, Russell J, Zomerdijk J. TAF1B is a TFIIB-like component of the basal transcription machinery for RNA polymerase I. Science. 2011;333:1640-2 pubmed publisher
  165. He H, Liyanarachchi S, Akagi K, Nagy R, Li J, Dietrich R, et al. Mutations in U4atac snRNA, a component of the minor spliceosome, in the developmental disorder MOPD I. Science. 2011;332:238-40 pubmed publisher
  166. Brown C, Mao C, Falkovskaia E, Jurica M, Boeger H. Linking stochastic fluctuations in chromatin structure and gene expression. PLoS Biol. 2013;11:e1001621 pubmed publisher
ISSN : 2329-5139